夫妻双方协议离婚后，能否就土地承包经营权申请土地承包经营纠纷仲裁，需分情况讨论：

1. 若土地承包经营权属于夫妻共同财产，且离婚协议未明确分割或存在争议
   根据《农村土地承包法》第三十一条，承包期内妇女结婚、离婚或丧偶，其承包地应受法律保护。若离婚协议未对土地承包经营权进行明确分割，或双方对分割方式存在争议（如一方主张独自享有、另一方主张分割权益），此时可依据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第二条，以“承包经营权归属争议”为由申请仲裁。仲裁机构将审查承包合同、离婚协议内容，结合家庭成员贡献、土地实际使用情况等综合判定权益归属。

2. 若土地承包经营权已通过离婚协议明确分割，但一方未履行协议内容
   若离婚协议已明确约定土地承包经营权的分割方式（如一方获得全部经营权，另一方获得补偿），但一方未按协议履行（如拒绝交付土地、拒绝支付补偿款），此时争议性质转为“合同履行纠纷”。根据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第二条，此类纠纷仍可申请仲裁，但需提供离婚协议、土地权属证明等证据，仲裁机构将依据协议条款裁决履行义务或赔偿损失。

3. 若土地承包经营权涉及第三方权益（如家庭其他成员共有）
   若土地承包经营权原属家庭共同承包（如父母、子女共同承包），夫妻离婚时仅能分割属于夫妻双方的份额。若离婚协议未经其他共有人同意擅自处分全部经营权，其他共有人可提出异议。此时需先通过家庭内部协商或诉讼明确各共有人份额，再针对夫妻间争议部分申请仲裁。若直接申请仲裁，可能因主体不适格被驳回。

操作建议：

• 申请仲裁前，务必收集承包合同、离婚协议、土地权属证明等关键证据；
  
• 若争议涉及第三方，建议先通过协商或诉讼明确权属，再启动仲裁程序；
  
• 仲裁申请需在知道或应当知道权益被侵害之日起2年内提出（《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第十八条）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。