结论：在婚内有对方微信转账流水但不清楚钱去向的情况下，是否起诉对方或第三方，需根据具体情况分析，一般可先考虑起诉对方，在特定情形下可考虑起诉第三方。以下为你详细分析：

起诉对方的情况

1. 法律基础：在婚姻关系存续期间，夫妻双方的财产原则上属于共同财产（有特别约定的除外）。如果一方未经另一方同意，擅自将共同财产进行转账，可能构成对夫妻共同财产的侵害。根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的下列财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有：（一）工资、奖金、劳务报酬；（二）生产、经营、投资的收益；（三）知识产权的收益；（四）继承或者受赠的财产，但是本法第一千零六十三条第三项规定的除外；（五）其他应当归共同所有的财产。夫妻对共同财产，有平等的处理权。所以，当对方擅自转账共同财产时，你有权起诉对方要求返还或赔偿损失。
2. 实际操作：你可以收集微信转账流水作为证据，证明对方存在转账行为。同时，如果能提供一些初步线索表明该转账行为可能损害了你的权益，比如转账时间、金额异常等，会更有利于你的诉讼。在起诉过程中，法院会根据具体情况判断对方的转账行为是否合法合理，如果认定对方存在过错，会支持你的诉求。例如，若对方将大额夫妻共同财产转账给其情人，这明显损害了你的财产权益，法院会判决对方返还相应财产。

起诉第三方的情况

1. 法律基础：一般情况下，夫妻一方与第三方之间的转账行为，如果第三方是善意取得，即第三方在取得财产时不知道该财产属于夫妻共同财产且支付了合理对价，那么你可能难以直接起诉第三方要求返还财产。但是，如果第三方明知或应知该财产是夫妻共同财产，仍然接受转账，那么第三方可能构成不当得利或与对方共同侵害你的财产权益。根据《中华人民共和国民法典》第九百八十五条规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。此时，你可以起诉第三方要求返还财产。
2. 实际操作：要起诉第三方，你需要有充分的证据证明第三方明知或应知该财产是夫妻共同财产。这可能比较困难，需要你进行深入的调查取证。比如，如果对方与第三方存在不正当关系，你可以收集相关证据证明第三方知道对方的婚姻状况以及转账财产的性质。另外，如果转账金额明显超出正常社交或商业往来范围，也可以作为证明第三方非善意的线索之一。

综合建议

1. 先尝试沟通：在决定起诉之前，你可以先与对方进行沟通，了解转账的具体原因和去向。也许存在一些合理的解释，比如对方是为了家庭共同利益进行转账，只是没有及时告知你。通过沟通，有可能解决矛盾，避免不必要的诉讼。
2. 收集证据：无论最终决定起诉谁，收集充分的证据都是关键。除了微信转账流水外，还可以收集其他相关证据，如聊天记录、证人证言等，以证明你的主张。
3. 咨询专业意见：由于每个案件的具体情况都不同，法律适用也可能存在差异。在处理此类问题时，建议你向我进一步咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细、准确的法律建议。

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