结论：员工造成公司损失时，公司有权依据相关法律法规追究其赔偿责任，但需遵循一定的原则和程序。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
《中华人民共和国劳动合同法》相关条款：
- 用人单位需通过民主程序制定规章制度（如《员工手册》），明确赔偿责任和流程，并向员工公示。若员工违反保密义务或竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
《中华人民共和国民法典》侵权责任编：
- 若员工存在重大过失或故意行为，可能需承担民事赔偿责任。用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。用人单位承担侵权责任后，可以向有故意或者重大过失的工作人员追偿。
二、赔偿原则
过错程度：
- 轻微过失：如操作失误导致小额损失，通常免赔或通过培训改进。
- 一般过失：按责任比例赔偿（如50%-80%），考虑员工收入水平。
- 重大过失/故意：全额赔偿，并可能面临纪律处分甚至解雇。
因果关系：
- 需证明损失与员工行为直接相关，排除外部因素（如市场波动）。
合理性：
- 赔偿金额应合理，避免过度惩罚。例如，月薪5000元的员工，公司要求其一次性赔偿10万元显然不合理。
三、赔偿方式与操作流程
协商处理：
- 公司可与员工就赔偿金额、方式及期限进行协商，达成一致。这是最为推荐的方式，可以减少冲突和法律成本。
按约定或实际损失赔偿：
- 如劳动合同中有相关约定，公司可按约定要求赔偿。
- 如无具体约定，公司可要求员工按实际损失数额赔偿，但需考虑员工的支付能力。
从工资中扣除：
- 赔偿款可从员工工资中扣除，但需遵守《工资支付暂行规定》的限制，即每月扣除额不得超过工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
仲裁或诉讼：
- 如协商不成，公司可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，公司需提供充分的证据证明损失的存在、因果关系以及员工的主观过错。
四、企业注意事项
制度完善：
- 在《员工手册》中明确赔偿范围、标准及流程，例如：“因疏忽导致损失超过5000元的，按实际损失的50%-80%赔偿。”
证据收集：
- 保存监控录像、工作记录、邮件往来等证据，确保责任认定清晰。这是后续追究员工赔偿责任的关键。
协商优先：
- 通过调解或分期赔偿减少冲突，例如允许员工用年终奖抵扣部分赔偿金。
法律合规：
- 避免以“罚款”名义克扣工资（仅政府有权罚款），改用“赔偿”表述。
五、员工应对措施
申诉渠道：
- 如对赔偿决定有异议，员工可通过工会或劳动仲裁维权。
法律咨询：
- 员工应确认赔偿金额是否合理，例如：“月工资8000元，公司要求一次性赔偿5万元是否合法？”如有疑问，可向我咨询。
保留证据：
- 员工应保存工作安排、沟通记录等，证明自身无重大过失。
六、争议解决建议
- 调解：通过企业内部委员会协商解决。
- 仲裁：向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（时效1年）。
- 诉讼：对仲裁结果不服可向法院起诉。
总结：员工造成公司损失时，公司应依据相关法律法规追究其赔偿责任，但需遵循过错程度、因果关系和合理性等原则。在处理过程中，公司应注重证据的收集与保存，依法依规进行操作，并确保赔偿方式的合理性与合法性。员工则应了解自身权利，如有疑问或需要法律帮助，可直接向我咨询。