当员工在公司造成损失时，赔偿问题需依据具体情况妥善处理。以下是对此问题的详细解答：
一、确定损失与责任
首先，公司需要明确损失确实是由员工的行为造成的，并且存在直接的因果关系。为此，公司应及时收集并固定相关证据，如损失的财务凭证、员工失职的行为记录、监控录像等，以确保在后续的处理过程中有据可依。
二、赔偿依据与方式
合同约定：
- 若双方签订的劳动合同中已明确规定了员工在造成损失时需要承担的赔偿责任及具体方式，公司应依据合同要求员工赔偿。
无合同约定：
- 若劳动合同中未对此进行约定，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条，从员工的工资中扣除赔偿费用。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地月最低工资标准。
三、赔偿范围与标准
赔偿范围：
- 通常包括因员工行为直接导致的公司经济损失，如设备损坏的维修或重置费用、产品报废的损失等。
赔偿标准：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成损失，应承担相应的赔偿责任。赔偿的具体数额需根据员工的过错程度、工资收入、损失大小等因素综合确定。
- 在司法实践中，通常会考虑员工的经济承受能力，不会让员工承担全部损失，而是根据公平原则确定一个合理的赔偿比例。
四、处理流程与异议解决
处理流程：
- 公司在确定损失及责任后，应与员工进行沟通，明确赔偿事宜。
- 若双方达成一致，可签订赔偿协议并按约定执行。
异议解决：
- 若员工对赔偿有异议，公司可通过内部调解、协商等方式解决。
- 若无法达成一致，公司可通过劳动争议仲裁等法律途径解决，由仲裁机构或法院判定赔偿责任及金额。
五、注意事项
合法合规：
- 公司在处理员工赔偿问题时，应确保整个过程的合法性和合规性，避免侵犯员工的合法权益。
人性化处理：
- 在考虑员工赔偿能力的同时，公司也应关注员工的个人情况和生活需求，尽量采取人性化的处理方式。
预防与改进：
- 公司应从此次事件中吸取教训，加强内部管理和员工培训，防止类似事件再次发生。
综上所述，当员工在公司造成损失时，公司应依据具体情况妥善处理赔偿问题。通过明确损失与责任、依据合同或法规确定赔偿方式、合理确定赔偿范围与标准、遵循合法合规的处理流程以及关注人性化处理和预防改进措施，可以确保问题得到妥善解决并维护公司的合法权益。