结论：应急局对企业物流车交通事故进行罚款是否合法，需根据具体情况判断，包括事故性质、应急局罚款依据及程序等。以下从多个角度进行分析：
应急局的职责与权限
- 应急局通常负责应急管理、安全生产等工作，在交通事故中，若涉及安全生产事故或存在违反安全生产规定的行为，应急局有权依据相关法律法规进行调查和处理。
- 但应急局的罚款权限并非无限，它必须基于明确的法律法规授权，且罚款行为需符合法定程序。
罚款的法律依据
- 若企业物流车交通事故被认定为安全生产事故，且企业存在违反《中华人民共和国安全生产法》等相关法律法规的行为，应急局有权依据这些法规对企业进行罚款。
- 罚款的具体数额和条件通常会在相关法律法规中明确规定，应急局在罚款时需严格遵守这些规定。
罚款的程序要求
- 应急局在罚款前，通常需要进行调查取证，确认企业存在违法行为。
- 罚款决定应当以书面形式作出，并告知企业罚款的理由、依据和数额，以及企业享有的陈述、申辩和申请行政复议或提起行政诉讼的权利。
- 应急局在罚款时，还需遵循行政处罚的法定程序，如告知、听证等，确保企业的合法权益不受侵害。
企业应对建议
- 若企业认为应急局的罚款行为不合法或不合理，可以首先与应急局进行沟通，了解罚款的具体原因和依据。
- 若沟通无果，企业可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
- 在此过程中，企业应保留好相关证据，如事故报告、罚款通知书等，以便在需要时提供证明。
特殊情况考虑
- 如果交通事故并未涉及安全生产事故，或者应急局的罚款行为超出了其法定权限，那么企业的罚款可能是不合法的。
- 此外，如果应急局在罚款过程中存在程序违法或滥用职权等行为，企业也有权提出异议并寻求法律救济。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，行政机关在作出行政处罚决定时，必须遵循法定程序，确保处罚的合法性和合理性。
- 企业应加强对物流车驾驶员的安全教育和管理，遵守交通法规和安全生产规定，减少交通事故的发生。
- 若遇到应急局罚款等法律问题，企业应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并依法维护自己的合法权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。