船舶违反指定地点停泊的处罚情况，主要依据具体的违规情形以及相关的法律法规来确定。以下是一些常见的处罚情况及依据，供您参考：
一、特定区域违规停泊
如果船舶在通航建筑物（如船闸）及其引航道和船舶调度区内停靠，且影响了通航建筑物的正常运行，那么这种行为将违反《中华人民共和国航道法》的相关规定。具体来说，根据《中华人民共和国航道法》第三十五条第(三)项，以及第四十二条第(三)项的规定，船舶在上述区域从事货物装卸、水上加油、船舶维修、捕鱼等活动，或者违规停靠，影响通航建筑物正常运行的，将由县级以上人民政府交通运输主管部门责令改正，并可能面临罚款的行政处罚。罚款的金额会根据违法行为的情节轻重来裁定，如您提供的案例中，因较严重影响通航，被依法罚款人民币壹仟元整。
二、未在指定地点停泊（如禁渔期未在船籍港停泊）
对于应禁渔的海洋渔业船舶，如果未在船籍港停泊，而是擅自转移停泊地点，这种行为将违反相关的渔业管理规定。以《山东省规范海洋渔业船舶捕捞规定》为例，第六条第二款明确规定，违反此规定的，由县级以上人民政府渔业行政主管部门责令改正，并处一万元以上五万元以下的罚款。如您提供的案例中，某船舶因应禁渔期未在船籍港停泊，擅自转移停泊地点，被罚款人民币20000元。
三、综合建议
了解并遵守相关法律法规：船舶经营主体应加强对《航道法》、《渔业法》等相关法律法规的学习，确保船舶的航行和停泊行为符合法律要求。
强化船员培训：提高船员对通航建筑物、引航道等特殊区域的保护意识，规范船舶的航行和停靠行为，避免因侥幸心理或无知而引发法律风险。
配合执法部门监管：积极配合交通运输、渔业等执法部门的监管工作，如接受动态监控系统的监测、配合现场检查等，确保船舶的合法合规运营。
及时纠正违法行为：一旦发现船舶存在违规停泊等违法行为，应立即采取措施进行纠正，并主动向执法部门报告，以减轻可能的法律后果。
综上所述，船舶违反指定地点停泊的处罚情况因具体违规情形和法律法规的不同而有所差异。船舶经营主体应严格遵守相关法律法规，确保船舶的合法合规运营。