您好，关于非独立法人企业是否可以申办运输经营许可的问题，这主要取决于具体的运输类型和相关的管理规定。以水路运输辅助业为例，根据《国内水路运输辅助业管理规定》的相关条款，我们可以进行以下分析：
首先，对于水路运输辅助业，如船舶代理、水路旅客运输代理、水路货物运输代理业务，规定中明确要求了需要提交《企业法人营业执照》复印件作为备案材料之一。这里的“企业法人营业执照”通常指的是独立法人企业的营业执照。
然而，这并不意味着非独立法人企业，如分公司，就完全无法参与相关业务。在实际操作中，分公司虽然不具备独立法人资格，但它们通常可以在其总公司授权下，以总公司的名义进行业务活动，并可能需要提供总公司的相关资质证明文件。不过，具体到运输经营许可的申办，是否接受非独立法人企业的申请，还需根据当地交通管理部门的具体规定和解释来确定。
对于其他类型的运输经营许可，如公路运输、铁路运输等，其申办条件和要求可能又有所不同。因此，如果您是非独立法人企业，并希望申办运输经营许可，我建议您：
详细了解当地交通管理部门的具体规定：不同地区、不同类型的运输业务，其申办条件和要求可能存在差异。因此，您需要首先了解当地交通管理部门对于非独立法人企业申办运输经营许可的具体规定和要求。
咨询专业机构或律师：如果您对相关规定和要求存在疑问或不确定，可以咨询专业的运输管理机构或律师，以获取更准确、更权威的解答和建议。
准备相关材料并按照流程申办：在了解了相关规定和要求后，您需要准备相关的申办材料，并按照当地交通管理部门的流程进行申办。
综上所述，非独立法人企业是否可以申办运输经营许可，取决于具体的运输类型和当地交通管理部门的规定。因此，我建议您在申办前详细了解相关规定和要求，并咨询专业机构或律师以获取更准确的解答和建议。