非自然人投资或控股的法人独资企业具有申请行政许可的主体资格。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律主体资格的角度
根据《中华人民共和国行政许可法》及相关法律法规，申请行政许可的主体应当是具有法律主体资格的组织或个人。非自然人投资或控股的法人独资企业，作为依法设立并具有独立法人资格的企业，其本身就是一个法律主体，享有独立的民事权利和承担民事义务的能力。因此，从法律主体资格的角度来看，该类企业完全具备申请行政许可的资格。
二、行政许可申请条件的角度
行政许可的申请条件通常包括申请人具备相应的资质、条件或能力，以及符合法律法规规定的其他要求。对于非自然人投资或控股的法人独资企业而言，只要其满足所申请行政许可的具体条件，如具备相应的技术、设备、人员等，就可以依法提出申请。这些条件与企业的投资主体（自然人或非自然人）无直接关联，而是关注于企业自身的实力和条件。
三、实际操作的角度
在实际操作中，非自然人投资或控股的法人独资企业申请行政许可的流程与自然人投资或控股的企业并无本质区别。企业需要按照相关法律法规的规定，准备并提交申请材料，包括企业营业执照、法定代表人身份证明、申请许可的具体事项和理由等。行政机关在收到申请后，会依法进行审查，并根据审查结果作出是否准予许可的决定。
四、特殊情况的考虑
虽然非自然人投资或控股的法人独资企业普遍具有申请行政许可的主体资格，但在某些特殊情况下，可能需要考虑额外的因素。例如，如果所申请的行政许可涉及国家安全、公共利益等敏感领域，行政机关可能会对企业的投资背景、资金来源等进行更为严格的审查。然而，这并不意味着该类企业不具备申请资格，而是需要在申请过程中提供更多的信息和证明。
法律建议：
综上所述，非自然人投资或控股的法人独资企业具有申请行政许可的主体资格，并可以依法提出申请。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。