在工程所在地与公司注册地为同一统筹区的不同区域的情况下，工伤认定一般由公司注册地（或工程所在地，两者在同一统筹区时通常无实质差异）的社会保险行政部门负责受理。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与原则
根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤认定通常遵循“属地原则”，即由用人单位所在地的社会保险行政部门负责。当工程所在地与公司注册地位于同一统筹区的不同区域时，由于它们属于同一社会保险统筹范围，因此工伤认定的受理部门通常不会因具体地理位置的不同而有所区别。
具体受理部门
公司注册地社会保险行政部门：在大多数情况下，由于公司注册地是用人单位的法定所在地，因此其社会保险行政部门是负责工伤认定的主要部门。
工程所在地社会保险行政部门（在同一统筹区内时）：虽然工程所在地与公司注册地不同，但当它们位于同一统筹区时，工程所在地的社会保险行政部门在理论上也具备受理工伤认定的权限。然而，在实际操作中，为了避免部门间的推诿和确保效率，通常会由公司注册地的社会保险行政部门统一受理。若工程所在地社会保险行政部门实际受理，也会基于同一统筹区的政策协调进行处理，结果上无实质差异。
实际操作建议
优先选择公司注册地社会保险行政部门：为了简化流程和提高效率，建议优先向公司注册地的社会保险行政部门申请工伤认定。
了解当地具体规定：尽管在同一统筹区内，不同区域的社会保险行政部门在操作上可能存在细微差异。因此，在申请前，建议先了解当地的具体规定和流程，可以通过咨询当地社会保险行政部门或查阅相关政策文件来获取准确信息。
准备齐全申请材料：无论选择哪个部门申请工伤认定，都需要准备齐全相关的申请材料，如工伤认定申请表、劳动关系证明、医疗证明等。这些材料是申请工伤认定的基础，必须真实、完整、有效。
可能的法律后果
如果因部门选择不当或申请材料不齐全等原因导致工伤认定申请被驳回或延误，可能会给受伤职工带来不必要的麻烦和损失。因此，在申请工伤认定时，务必谨慎选择受理部门并准备齐全申请材料。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。