当用人单位的注册地与生产经营地（即工伤发生地）不在同一统筹地区时，关于工伤认定的管辖问题，可以依据以下原则来确定：

首先，如果用人单位已经在参保地（通常是注册地或根据当地规定确定的参保地点）为职工参加了工伤保险，那么工伤认定应当在参保地进行。这是因为参保地是用人单位和职工共同选择并缴纳工伤保险费的地点，具有明确的管辖权。

然而，如果用人单位在注册地与生产经营地均未为职工参加工伤保险，且生产经营地位于本市行政区域内，那么工伤认定应当由生产经营地所在区的人力资源和社会保障局受理。这里的“生产经营地”指的是用人单位具体生产、经营、办公的所在地，或者从业人员存在相对固定工作场所的，该工作场所可视为生产经营地。

在特殊情况下，如果用人单位的生产经营地涉及本市两个及以上行政区，且区人力资源和社会保障局对受理管辖有争议，那么应当协商处理。如果协商不成，可以报请市人力资源社会保障局指定管辖。

以您提供的案例为例，吴某在宜昌市猇亭区云池港受伤，而其所在航运公司的注册地是河南固始。由于航运公司未为吴某缴纳工伤保险费，且吴某的实际工作场所（即船舶停靠的港口）位于宜昌市，因此宜昌市人力资源和社会保障局作为生产经营地所在区的人力资源和社会保障局，具有受理吴某工伤认定申请的管辖权。

综上所述，当工伤发生地与注册地不一致时，工伤认定的管辖权通常归属于生产经营地所在区的人力资源和社会保障局（如果未在参保地参加工伤保险），或者参保地的人力资源和社会保障局（如果已在参保地参加工伤保险）。在涉及多个行政区或管辖争议的情况下，应当协商处理或报请上级部门指定管辖。