结论：公司租用别墅晚上上双锁是否违法，需根据具体情况判断，包括租赁合同约定、上锁行为是否影响正常使用、是否侵犯他人权益等因素。以下从不同角度进行分析：

1. 租赁合同约定：

   • 若合同中有明确规定：如果租赁合同中明确规定了别墅的使用方式、安全措施或上锁的具体要求，且公司上双锁的行为符合合同约定，则通常不构成违法。例如，合同可能规定为保障别墅安全，承租方需在夜间采取额外的安全措施，包括上双锁。
   • 若合同中无明确规定：如果合同中没有明确规定上锁的具体要求，公司上双锁的行为可能需要根据其他法律法规或租赁惯例来判断其合法性。

2. 上锁行为是否影响正常使用：

   • 若不影响正常使用：如果公司上双锁的行为并未影响别墅的正常使用，如未妨碍其他承租人或业主的进出，且未造成其他不便，则该行为可能不构成违法。
   • 若影响正常使用：如果上双锁的行为导致别墅无法正常使用，如阻碍了紧急疏散通道、影响了其他承租人的正常生活等，则可能构成违法，因为这违反了租赁合同中关于正常使用别墅的约定，也可能违反了相关的消防安全或物业管理规定。

3. 是否侵犯他人权益：

   • 若未侵犯他人权益：如果公司上双锁的行为并未侵犯其他承租人、业主或第三方的合法权益，如未擅自改变别墅结构、未损坏公共设施等，则该行为可能不构成违法。
   • 若侵犯他人权益：如果上双锁的行为侵犯了其他承租人、业主或第三方的合法权益，如擅自锁闭了公共区域、影响了其他承租人的通风采光等，则可能构成违法，需要承担相应的法律责任。

法律建议：

• 审查租赁合同：公司应首先审查租赁合同，了解其中关于别墅使用、安全措施和上锁的具体要求，确保上锁行为符合合同约定。
• 咨询相关部门或物业：如果合同中没有明确规定，公司可以咨询相关部门或物业管理方，了解上锁行为是否符合当地的法律法规或物业管理规定。
• 尊重他人权益：公司在上锁时，应确保不侵犯其他承租人、业主或第三方的合法权益，避免因此引发纠纷或法律责任。

可能的法律后果：

• 如果公司上双锁的行为违反了租赁合同约定、相关法律法规或侵犯了他人权益，可能面临合同违约责任、行政处罚或民事赔偿等法律后果。

如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律建议。