在工程造价高于施工人报价的情况下，法院的处理方式会结合具体案情、合同约定以及法律规定来综合判断。以下是几种常见的处理方向：

1. 审查合同约定
   法院首先会审查双方签订的施工合同中是否对工程造价有明确约定。如果合同中约定了固定总价或固定单价，且施工人报价符合合同约定，那么工程造价超出报价的部分，法院可能不会支持施工人额外主张的费用，除非存在设计变更、工程量增减等合同约定的调整情形。

2. 考虑是否存在变更或增项
   如果施工过程中发生了设计变更、工程量增加等情形，导致实际工程造价高于原报价，法院会审查这些变更或增项是否经过发包人确认或符合合同约定的调整程序。如果变更或增项合法有效，法院通常会支持施工人主张的合理费用。

3. 审查报价的合理性
   如果施工人报价明显低于市场价或成本价，法院可能会审查报价是否合理。如果报价过低且施工人无法证明其报价的合理性，法院可能会认为施工人存在恶意低价竞标或未充分履行审慎义务，从而不支持其主张的超出报价部分费用。

4. 考虑是否存在显失公平或欺诈
   如果发包人利用优势地位迫使施工人接受不合理的低价报价，或者存在欺诈、胁迫等情形，法院可能会根据《民法典》中关于显失公平或欺诈的规定，对合同条款进行调整或撤销，从而支持施工人主张的合理费用。

5. 依据鉴定结论或市场价确定造价
   如果双方对工程造价存在争议，法院可能会委托专业机构进行造价鉴定，或者参考市场价来确定实际工程造价。在这种情况下，法院会以鉴定结论或市场价作为依据，判断施工人主张的费用是否合理。

总结：法院在处理工程造价高于施工人报价的案件时，会综合考虑合同约定、变更情况、报价合理性、是否存在显失公平或欺诈等因素，最终依据法律规定和事实情况作出公正判决。如果你有具体的案件情况或合同条款需要分析，可以直接向我咨询，我会结合你的实际情况给出更详细的解答。