年休假通常应当算作满勤，且公司不应因此扣减员工的全勤奖或影响其他福利待遇。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

1. 年假性质：根据《职工带薪年休假条例》第二条，员工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这表明年假是带薪的，应视为正常工作时间，不属于无故缺勤或违反考勤规定的行为。
2. 全勤定义：全勤一般是指员工在一个考勤周期内，按照用人单位的考勤制度，正常出勤，未出现迟到、早退、旷工等违反考勤纪律的情况。由于年假是带薪假期，且不属于违反考勤纪律的行为，因此休年假不应影响全勤的认定。

企业实践角度

1. 多数企业做法：在多数企业中，带薪年假被视为正常工作安排的一部分，不影响全勤奖或绩效考核。这些企业通常采用广义满勤的定义，即更关注员工是否履行完整劳动义务（如未旷工、未违规请假），而非仅仅统计实际出勤天数。
2. 少数企业特殊规定：尽管大多数企业将年假视为满勤，但也有少数企业可能因考勤系统限制或管理习惯，将年假计入缺勤统计。然而，这种特殊规定相对较少，且可能面临法律风险，因为它可能与年休假制度保障劳动者权益的初衷相悖。如果企业有这样的规定，员工应仔细查阅公司制度或劳动合同，确保自己的权益不受侵害。

应对建议

1. 查阅公司制度：员工在休年假前，应查阅公司关于全勤和年假的具体规定，以避免可能的误解或争议。如果公司制度中明确规定年休假不计入全勤，且该规定合法有效，那么员工应遵守该规定。
2. 沟通协商：如果员工认为公司制度不合理或存在争议，可以与公司进行沟通协商，尝试达成共识。在沟通过程中，员工可以引用相关法律法规，说明年假的带薪性质和全勤的定义，以维护自己的合法权益。
3. 法律维权：如果沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁委员会进行调解或仲裁。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如公司制度、劳动合同、考勤记录等，以便证明自己的权益受到侵害。

特殊情况考虑

如果员工在休年假的同时存在其他缺勤情况（如病假、事假等），这些缺勤可能会影响到全勤保底工资的发放。但这与仅因休年假而被扣减全勤奖的情况不同。公司应合理区分员工的不同缺勤类型，并依据合法有效的规章制度进行考勤管理和奖金发放。

总结来说，年休假通常应当算作满勤，且公司不应因此扣减员工的全勤奖或影响其他福利待遇。如果员工在休年假过程中遇到任何问题或争议，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。