核心结论：公章丢失后，合同办理需分情况处理，关键在于及时采取补救措施并确保合同效力。以下是具体分析和建议：

1. 立即挂失并补办公章
   公章丢失后，第一步必须向公安机关报案并登报声明作废（部分地区需先登报再备案），随后凭报案回执和声明文件到公安机关备案并重新刻制公章。这一步骤的目的是防止他人冒用公章签署合同，降低法律风险。
   法律依据：根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》，公章丢失需及时报告主管部门并公开声明作废。

2. 已签署合同的效力认定

   • 若合同已加盖原公章且未被撤销：合同原则上有效，但需尽快补办公章后加盖骑缝章或补充签署确认文件，避免对方以“公章真实性存疑”为由主张合同无效。
     
   • 若合同未签署或仅部分签署：建议暂停签署，待新公章补办完成后重新签署，并留存补办公章的证明文件（如报案回执、登报声明）作为合同附件，增强合同效力。

3. 风险防范措施

   • 内部管理：补办公章后，立即更新公司用章登记制度，明确公章使用范围和审批流程，避免再次丢失。
     
   • 外部通知：向合作伙伴、银行等机构发送书面通知，说明公章丢失及补办情况，防止他人冒用。
     
   • 合同条款补充：在后续合同中增加“公章丢失期间的合同效力”条款，明确如因公章丢失导致合同纠纷，责任由哪方承担。

4. 特殊情况处理

   • 紧急合同需签署：若因业务需要必须立即签署合同，可由法定代表人签字并加盖人名章替代公章，同时附上公司出具的《公章丢失情况说明》，说明合同效力不受影响。
     
   • 对方拒绝认可新公章：若对方以“新公章未备案”为由拒绝履行合同，可提供公安机关的备案证明和登报声明，证明新公章的合法性。

总结：公章丢失后，合同办理的核心是“及时补救+证据留存”。建议优先补办公章，再根据合同签署进度采取不同措施，同时完善内部管理和外部通知，最大限度降低法律风险。如有具体合同纠纷或操作疑问，可直接向我咨询，我会结合合同条款和实际情况为您详细分析。