公司合同章丢失后，应立即采取一系列有序的措施来处理，以确保公司的合法权益不受损害。以下是具体的处理步骤和建议：

1. 立即确认与报告：

   • 确认印章确实丢失后，立即向公司高层报告，并考虑咨询专业律师以获取法律意见和指导。

2. 内部管控与风险评估：

   • 暂停使用该合同章开展业务，避免未经授权的盖章行为。
   • 组织法务、财务、业务等部门共同评估因合同章丢失可能引发的风险。

3. 正式报案与声明：

   • 携带公司相关证明材料，前往公司所在地的公安机关报案，并取得报案回执。
   • 根据公安机关的要求，在指定报纸上刊登合同章遗失声明，明确表明该印章已作废。

4. 重新刻制与备案：

   • 准备好所需材料，如营业执照副本、法定代表人身份证明等，前往公安机关指定的印章刻制单位刻制新的合同章。
   • 新印章刻制完成后，需到当地公安机关进行备案，确保新印章的合法性和安全性。

5. 通知与合作方沟通：

   • 以书面函件形式通知公司的合作伙伴、客户等相关方合同章丢失及新章启用的情况。
   • 更新公司相关资料和系统中的合同章信息。

6. 内部管理与监控强化：

   • 完善公司印章管理制度，明确印章的保管、使用流程和审批权限。
   • 加强对印章使用的监督和管理，确保印章的安全使用。

7. 法律风险防范：

   • 密切关注可能涉及的法律风险，如发现有人利用丢失的合同章从事不法活动，应立即向公安机关举报并配合调查。

在整个处理过程中，应确保所有行动都符合法律法规的要求，并保留好相关证据和文件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。