结论：是否可收取水利建设费需分情况讨论，主要取决于挂靠协议约定、地方性法规规定以及水利建设费本身的性质与征收依据，以下为具体分析：

1. 若水利建设费属于地方性法规明确规定的应由项目承担方缴纳的费用，且挂靠协议中明确约定由实际施工方（挂靠方）承担
   在此情况下，您公司作为被挂靠方，可依据协议向挂靠方收取该费用，但需注意两点：

   • 合规性前提：地方性法规需明确规定该费用应由项目承担方缴纳（如按项目投资额、工程量等比例征收），且您公司作为名义上的项目承担方，有义务代收后向相关部门缴纳。若法规未明确规定或禁止转嫁，则收取行为可能涉嫌违规。
     
   • 协议效力：挂靠协议若违反《建筑法》中“禁止挂靠”的强制性规定，可能被认定为无效，此时费用分担条款也可能无效。但若协议仅部分无效（如仅挂靠关系无效，费用分担条款独立有效），则仍可依据协议主张权利。

2. 若水利建设费属于您公司自行设定的费用，或地方性法规未明确规定可转嫁
   此时收取行为可能面临以下风险：

   • 违规风险：若费用无明确法律依据，您公司向挂靠方收取可能被认定为“乱收费”，违反《价格法》中“经营者不得利用优势地位强制交易”的规定，挂靠方可向市场监管部门投诉或通过诉讼要求返还。
     
   • 税务风险：若收取的费用未纳入公司正规财务核算，可能被认定为“账外收入”，面临税务稽查及补缴税款、罚款的风险。
     
   • 合同风险：若挂靠方拒绝支付，您公司以“水利建设费”为由起诉，可能因费用无合法依据被法院驳回诉讼请求。

3. 实务建议

   • 核查地方性法规：优先确认水利建设费的征收依据（如是否为地方政府规章、规范性文件），明确费用是否可由被挂靠方转嫁。
     
   • 完善协议条款：若法规允许转嫁，需在挂靠协议中明确费用名称、计算方式、缴纳时间及违约责任，避免模糊表述。
     
   • 规范财务处理：收取的费用应纳入公司正规财务账目，开具合法票据，避免税务风险。
     
   • 谨慎对待挂靠：挂靠行为本身违法，可能引发工程质量、安全、债务等连锁风险，建议通过合法方式（如内部承包、联营）替代挂靠。

若您需进一步分析具体地方性法规或协议条款，可直接向我提供详细信息，我将结合实务经验为您定制解决方案。