若房屋征收补偿协议被确认无效，行政机关已补偿的款项可通过以下途径追回：

1. 协商解决
   行政机关可首先与被征收人协商，要求其返还已支付的补偿款。协商过程中，可明确指出协议无效的法律依据（如《民法典》第155条关于无效民事法律行为的规定），并说明返还的合理性。若被征收人配合，可签订书面返还协议，明确返还金额、方式及期限，避免后续纠纷。

2. 行政程序追回
   若协商无果，行政机关可依据《行政诉讼法》及相关司法解释，通过行政程序要求返还。具体操作包括：

   • 发出书面通知：要求被征收人在指定期限内返还补偿款，并告知逾期不返的后果（如加收滞纳金、强制执行等）；
     
   • 申请法院强制执行：若被征收人拒不返还，行政机关可向法院申请强制执行，需提供协议无效的生效法律文书（如法院判决或仲裁裁决）作为依据。

3. 民事诉讼追偿
   行政机关也可直接以原告身份向法院提起民事诉讼，要求被征收人返还补偿款。诉讼中需重点证明：

   • 协议无效的事实（如征收程序违法、协议内容违反强制性规定等）；
     
   • 已支付补偿款的证据（如银行转账记录、收据等）；
     
   • 返还的合理性（如被征收人未实际遭受损失，或补偿款缺乏合法依据）。
     若法院支持诉求，可判决被征收人返还款项，并承担诉讼费用。

4. 特殊情形处理

   • 被征收人已使用补偿款：若补偿款已被用于购房、装修等，行政机关可要求返还剩余款项或等值财产；若财产已灭失，可要求赔偿损失。
     
   • 行政机关存在过错：若协议无效因行政机关过错导致（如程序违法），法院可能酌情减少返还金额，或要求行政机关承担部分损失。
     
   • 第三方善意取得：若补偿款已被转让给第三方（如购房款支付给开发商），且第三方符合善意取得条件，行政机关可能无法直接追回，需另案主张权利。

建议：行政机关在追回补偿款时，应优先通过协商或行政程序解决，以降低成本、提高效率；若必须诉讼，需充分准备证据，并注意诉讼时效（一般为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算）。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。