关于招商引资协议中企业履约保证金的扣除时机，需结合协议具体条款及法律规定综合判断，通常在以下情形下扣除：

1. 协议明确约定扣除条件时
   若招商引资协议中已明确约定履约保证金的扣除条件（如企业未按期完成投资、未达到约定产值、违反环保或税收规定等），则地方政府或招商方可在条件成就时直接扣除。例如：

   • 协议约定“企业需在签约后1年内完成固定资产投资5000万元，否则扣除50%保证金”，若企业未达标，招商方可依约扣除。
     
   • 法律依据：根据《民法典》第五百八十七条，债务人履行债务不符合约定时，债权人可要求支付违约金或扣除定金（履约保证金性质类似）。

2. 企业根本违约时
   若企业行为构成根本违约（如长期停产、转移资产、拒绝履行主要义务），招商方可依据《民法典》第五百六十三条解除合同，并要求赔偿损失，此时履约保证金可能被用于抵扣赔偿。例如：

   • 企业签约后未实际投入资金，导致项目长期搁置，招商方可扣除保证金并追究违约责任。
     
   • 操作建议：招商方需留存企业违约的书面证据（如催告函、现场检查记录等），以支持扣除行为。

3. 协议未约定但法律允许的情形
   若协议未明确扣除条件，但企业行为违反法律强制性规定（如虚假注册、偷逃税款），招商方可依据《民法典》第五百条（缔约过失责任）或第五百七十七条（违约责任）主张扣除保证金。例如：

   • 企业通过虚假材料骗取优惠政策，招商方可扣除保证金并报请相关部门撤销优惠资格。
     
   • 风险提示：此类情形需以企业行为违法为前提，招商方不可随意扩大解释。

实务建议：

1. 协议条款设计：建议招商方在协议中明确保证金扣除的具体情形、比例及程序（如提前通知、听证等），避免争议。
   
2. 企业应对策略：企业签约前应仔细审查保证金条款，评估自身履约能力；若遇不合理扣除，可依据《行政诉讼法》或《民事诉讼法》提起诉讼或仲裁。
   
3. 地方政策差异：部分地区可能出台招商引资专项规定（如保证金管理细则），需结合当地政策进一步分析。

如有具体协议条款或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供针对性分析。