医疗机构存在违章建筑，通常需根据违章建筑的性质、严重程度以及相关法律法规，采取责令限期拆除、罚款、没收违法所得等处理措施。具体处理方式如下：

1. 认定与调查：

   • 当地城乡规划主管部门或城市管理执法部门会对医疗机构内的建筑进行调查，确认是否属于违章建筑。这通常涉及对建筑的建设时间、规划许可、土地使用性质等方面的审查。

2. 责令限期拆除：

   • 如果建筑被认定为违章建筑，且无法通过补办手续等方式合法化，相关部门会向医疗机构发出责令限期拆除的通知。医疗机构需在规定时间内自行拆除违章建筑，否则将面临强制拆除。

3. 罚款与没收违法所得：

   • 除了责令拆除外，相关部门还可能对医疗机构处以罚款，罚款金额根据违章建筑的性质、面积、建设成本等因素确定。
   • 如果医疗机构通过违章建筑获得了经济利益（如出租收入），相关部门还可能没收其违法所得。

4. 强制拆除与恢复原状：

   • 如果医疗机构未在规定时间内自行拆除违章建筑，相关部门有权组织强制拆除，并恢复土地原状。强制拆除的费用通常由医疗机构承担。

5. 法律责任与信用惩戒：

   • 医疗机构因违章建筑可能面临行政处罚，如警告、罚款等。
   • 严重情况下，相关责任人（如法定代表人、直接负责的主管人员）可能面临更严厉的法律责任，包括行政拘留等。
   • 违章建筑行为还可能被纳入医疗机构的信用记录，影响其社会声誉和后续发展。

6. 特殊情况处理：

   • 如果违章建筑涉及历史遗留问题或特殊情况（如紧急医疗需求），相关部门可能会根据实际情况采取更为灵活的处理方式，如补办手续、罚款后合法化等。但这种情况较为少见，且需严格符合相关法律法规的规定。

建议：医疗机构应严格遵守相关法律法规，避免建设违章建筑。如果已存在违章建筑，应积极与相关部门沟通，寻求合法化的途径或主动拆除，以减少法律风险和经济损失。如有具体法律问题，可直接向我咨询。