使用违章建筑开办医疗机构将面临行政处罚、可能被责令停止执业活动甚至承担刑事责任，具体处罚需结合违章建筑性质和医疗机构运营情况综合判定。以下从不同角度展开分析：
一、针对违章建筑本身的处罚
行政强制措施
根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可内容建设的建筑，属违法建筑。行政机关可责令限期改正（如补办手续），对无法改正的将强制拆除。若医疗机构使用的建筑属于此类，可能面临停业整改直至建筑被拆除的风险。
罚款与没收违法所得
若违章建筑已投入使用，行政机关可对建设单位或个人处以工程造价5%-10%的罚款（《城乡规划法》第六十四条）。若医疗机构通过违章建筑获取收益（如租金、诊疗收入），可能被没收违法所得。
二、针对医疗机构运营的处罚
吊销执业许可证
根据《医疗机构管理条例》第二十三条，医疗机构需取得《医疗机构执业许可证》方可执业，且场所需符合法定条件。若使用违章建筑作为诊疗场所，卫生行政部门可依据《医疗机构管理条例》第四十七条，责令限期改正、给予警告；逾期不改的，吊销执业许可证。
停业整顿与罚款
即使医疗机构已取得执业许可，若场所不符合消防、环保等安全标准（违章建筑常伴随此类问题），卫生行政部门可依据《基本医疗卫生与健康促进法》第九十九条，责令停业整顿、没收违法所得，并处违法所得五倍至二十倍的罚款（违法所得不足一万元的，按一万元计算）。
三、刑事责任风险
非法经营罪（极端情况）
若医疗机构未取得执业许可且使用违章建筑，情节严重的可能构成《刑法》第二百二十五条非法经营罪。例如：长期无证执业、造成患者人身损害或社会影响恶劣的，可处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
重大责任事故罪（如发生安全事故）
若违章建筑存在安全隐患（如结构不稳、消防通道堵塞）导致医疗事故或火灾等，直接负责的主管人员可能构成《刑法》第一百三十四条重大责任事故罪，处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
四、实务建议
立即自查整改
若已使用违章建筑开办医疗机构，应第一时间委托专业机构评估建筑合法性及安全性，积极与规划、卫生部门沟通补办手续或整改。
法律风险隔离
建议将医疗机构运营与建筑产权分离（如租赁合法建筑），避免因建筑问题牵连执业资质。若必须使用现有场所，需在合同中明确约定出租方对建筑合法性的担保责任。
合规运营前置
新设医疗机构时，务必将场所合法性审查纳入筹备流程，优先选择已取得《建设工程规划许可证》且通过消防、环保验收的建筑。
如需进一步分析具体案件中的处罚尺度或合规方案，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的执法惯例和案件细节提供针对性建议。