工厂停职调查后的处理方式需根据调查结果、工厂规章制度及劳动法律法规综合判断，常见处理方式如下：

1. 若调查确认员工存在违规行为

   • 依据制度处理：工厂可根据内部规章制度（如员工手册）对员工进行相应处罚，包括警告、记过、降薪、调岗或解除劳动合同等。
     
   • 合法性审查：处罚措施需符合《劳动合同法》第三十九条（如严重违纪、失职造成重大损害等可解除合同）及第四十条（如不能胜任工作需培训或调岗）的规定，否则可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。
     
   • 程序要求：解除合同需提前通知工会（如有），并出具书面解除通知，说明理由及依据。

2. 若调查未发现违规行为或证据不足

   • 恢复职务与待遇：工厂应立即恢复员工原岗位及薪资，并补发停职期间的工资（若停职无合法依据，需全额支付）。
     
   • 道歉与补偿：若停职给员工造成名誉或经济损失（如误工费、精神损害），员工可要求工厂书面道歉或协商补偿。
     
   • 防范风险：工厂需完善调查流程，避免因程序瑕疵（如未告知员工调查内容、未允许申辩）引发劳动争议。

3. 若调查发现行为涉嫌违法（如贪污、盗窃）

   • 移交司法机关：工厂可将证据移交公安机关，由司法机关立案侦查。
     
   • 配合调查义务：员工需配合调查，但工厂不得以“配合调查”为由非法限制人身自由或扣押财物。
     
   • 劳动关系处理：在司法机关立案前，工厂一般不可直接解除合同；若员工被刑事拘留或逮捕，工厂可依据《劳动合同法》第三十九条第六项（被依法追究刑事责任）解除合同。

关键提醒：

• 工厂停职调查需有明确依据（如规章制度、劳动合同约定），且停职期间一般不超过合理期限（通常不超过1个月）。
  
• 员工若对处理结果不服，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张继续履行合同、赔偿金或工资差额等。
  

如有具体案件细节（如停职原因、调查证据等），可进一步向我咨询，我会结合法律条文与实务经验为您分析。