海域权属的明确清晰主要由自然资源部门进行认定。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

1. 法律依据与部门职责：

   • 根据相关法律法规，自然资源部门（原海洋行政主管部门）负责海域使用的管理和监督工作，这包括海域权属的确认。海域权属的认定是海域使用管理的重要环节，它关乎到海域资源的合理利用和保护。

2. 认定流程：

   • 当涉及海域权属争议或需要明确海域权属时，相关当事人可以向自然资源部门提出申请。自然资源部门会依据相关法律法规和政策，对申请进行审查，并可能进行现场勘查、调查取证等工作。
   • 在审查过程中，自然资源部门会综合考虑历史使用情况、相关法律法规、政策规定以及实际使用状况等因素，以确定海域的权属。

3. 认定依据：

   • 海域权属的认定主要依据包括相关法律法规、政策文件、海域使用登记资料、历史使用记录等。这些依据为自然资源部门提供了明确的认定标准和程序，确保了海域权属认定的公正性和准确性。

4. 争议解决：

   • 如果对海域权属的认定存在争议，当事人可以通过行政复议或行政诉讼等途径寻求解决。行政复议是向上一级自然资源部门或同级人民政府提出申请，请求对原认定进行审查并作出决定；行政诉讼则是向人民法院提起诉讼，请求法院对海域权属争议进行裁决。

5. 实际案例与操作建议：

   • 在实际操作中，海域权属的认定可能涉及复杂的法律问题和事实认定。因此，建议当事人在提出申请或参与争议解决时，充分准备相关证据材料，并咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。

总结与建议：海域权属的明确清晰主要由自然资源部门进行认定。当事人在涉及海域权属问题时，应了解相关法律法规和政策规定，积极准备相关证据材料，并在必要时咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。