核心结论：这种情况需要分不同情形来处理，关键在于明确借款关系中的各方责任以及资金扣除的合法性等，以下是具体分析。

1. 从借款合同关系角度
   • 若借款人不知情且无过错：如果借款人在签订借款合同时，并不知晓实际用款人的情况，且在整个借款过程中没有与实际用款人恶意串通等过错行为。那么根据合同的相对性原则，借款人仍然是借款合同的相对方，对贷款银行负有还款义务。对于其他银行扣除的那一小部分款项，借款人可以先与贷款银行沟通说明情况，看能否协调解决还款金额的认定问题。同时，借款人可以向实际用款人追偿这部分被扣除的款项，因为实际用款人是实际使用资金并受益的一方。例如，借款人A在不知情的情况下为B借款，资金被其他银行扣除了一部分，A可以先和贷款银行沟通还款事宜，然后向B要求返还被扣除的这部分资金。
   • 若借款人存在过错：要是借款人在借款过程中存在与实际用款人恶意串通、欺诈贷款银行等行为，那么借款人和实际用款人可能需要共同对贷款银行承担还款责任。而且，借款人还可能面临贷款银行的违约责任追究以及相关法律法规的处罚。对于被其他银行扣除的款项，贷款银行可能会根据具体情况，要求借款人继续偿还剩余欠款，借款人不能因为部分款项被扣除而免除还款责任。
2. 从其他银行扣除款项的合法性角度
   • 合法扣除：如果其他银行扣除款项是基于合法的依据，比如借款人本身在该银行也有债务，且该银行依据生效的法律文书或者合法的扣款协议进行扣除。那么借款人需要先处理该银行债务问题，同时对于贷款银行的借款，仍然要按照借款合同履行还款义务。借款人可以与贷款银行协商调整还款计划，说明资金被扣除的情况。例如，借款人C在某银行有未偿还的信用卡欠款，该银行依据相关规定扣除了C账户中的一部分资金，而这部分资金中有部分是C的借款资金，C需要先还清信用卡欠款，再和贷款银行协商后续还款事宜。
   • 非法扣除：若其他银行扣除款项没有合法依据，属于错误扣款或者侵权行为。借款人可以要求该银行返还被扣除的款项，并可以主张因错误扣款给自己造成的损失，如利息损失、因资金短缺产生的其他费用等。同时，借款人对于贷款银行的借款仍需按时偿还，避免产生逾期等不良后果。例如，银行D由于系统故障错误扣除了借款人E账户中的资金，E可以要求D返还资金并赔偿损失，同时要继续履行对贷款银行的还款义务。

在处理这类复杂情况时，建议你收集好相关的借款合同、银行扣款凭证等证据材料，以便更好地维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。