在申请执行时，若发现被告已经被合并，您应当向合并后存续的公司或新设的公司申请执行。以下是详细的分析与建议：
法律背景
根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司合并分为吸收合并和新设合并两种形式。在吸收合并中，被吸收的公司解散，其债权债务由吸收方承继；在新设合并中，原公司均解散，新设的公司承继原公司的债权债务。因此，当被告公司被合并时，其作为被执行人的法律地位将由合并后的公司承继。
具体操作
确认合并情况：
- 您需要首先确认被告公司是被吸收合并还是新设合并，以及合并后的公司名称、住所等信息。这通常可以通过查询工商登记信息、公司公告或相关法律文书来获取。
变更执行申请：
- 在确认合并情况后，您应向执行法院提交变更执行申请，将原被告公司变更为合并后的公司。申请时，需提供合并的相关证据材料，如合并协议、工商变更登记证明等。
继续执行程序：
- 执行法院在审查变更执行申请后，若认为符合法律规定，将裁定变更被执行人，并继续执行程序。此时，您应配合执行法院的工作，提供必要的协助和证据材料。
注意事项
及时申请变更：
- 一旦发现被告公司被合并，您应尽快向执行法院申请变更被执行人，以免因拖延时间而导致执行困难或丧失执行时机。
关注合并后公司的财产状况：
- 在变更执行申请后，您应关注合并后公司的财产状况，确保其有足够的财产可供执行。若发现合并后公司存在转移、隐匿财产等行为，应及时向执行法院报告并申请采取相应的执行措施。
考虑执行和解或再审等救济途径：
- 若在执行过程中遇到困难或发现合并存在违法情形，您还可以考虑与合并后公司进行执行和解，或者通过申请再审等途径来维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 若您未及时申请变更被执行人，可能导致执行程序无法继续进行，从而损害您的合法权益。
- 若合并后公司无财产可供执行，您可能面临执行不能的风险。此时，您可以考虑申请执行其他财产或采取其他法律措施来维护自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。