商标法第三十二条与第五十九条第三款的区别主要在于它们规范的内容和保护的重点不同。
商标法第三十二条：
- 规范内容：该条款主要规范了商标注册过程中的一些不当行为，特别是与在先权利相关的内容。它明确规定了，如果申请注册的商标侵犯了他人在先的未注册商标权或损害了他人在先的其他合法权益（如著作权、姓名权、肖像权等），则不予注册并禁止使用。这体现了商标法对在先权利的尊重和保护。
- 保护重点：重点在于防止后注册的商标对在先权利造成侵害，维护商标注册的公平性和正当性。
商标法第五十九条第三款（在先使用抗辩）：
- 规范内容：该条款则规定了商标注册后的一种特殊情形，即“在先使用抗辩”。它指出，如果商标注册人申请商标注册前，他人已经在同一种商品或者类似商品上先于商标注册人使用与注册商标相同或者近似并有一定影响的商标，那么注册商标专用权人无权禁止该使用人在原使用范围内继续使用该商标，但可以要求其附加适当区别标识。
- 保护重点：重点在于保护那些在商标注册前就已经在相同或类似商品上使用了与注册商标相同或近似商标，并且具有一定影响的在先使用者。这是为了平衡商标注册人的权利和在先使用者的合法权益，防止商标权的滥用。
综上所述，商标法第三十二条和第五十九条第三款虽然都涉及商标权的保护，但它们的侧重点和具体规范的内容是不同的。第三十二条更侧重于商标注册过程中的不当行为和对在先权利的保护，而第五十九条第三款则更侧重于商标注册后对在先使用者的保护，体现了商标法的利益平衡原则。如果你在实际操作中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。