当网店面临商标侵权起诉时，为了有效降低损失，需要采取一系列策略来应对。以下是一些具体的建议：

一、立即停止侵权行为

首先，一旦发现被起诉商标侵权，应立即停止所有可能涉及侵权的行为。这包括停止销售侵权商品、移除或更改侵权标识，并确保未来不再发生类似侵权行为。这是减少损失、避免进一步法律纠纷的重要一步。

二、全面收集证据

接下来，全面收集证据是至关重要的。你需要收集能够证明自己合法使用商标的证据，如商品进货凭证、与供应商的合同等。同时，也要收集对方商标的相关信息，如注册时间、使用范围等。这些证据将有助于你在后续的诉讼过程中证明自己的清白或减轻责任。

三、认真研究对方起诉状

仔细研读对方的起诉状，了解对方指控的具体侵权事实和法律依据。通过对比分析，判断自己的行为是否确实构成侵权。如果认为自己没有侵权，可以从商标使用的差异等方面准备答辩材料；如果认为可能侵权，则应考虑与对方协商和解，以降低潜在的赔偿责任。

四、积极与原告沟通协商

与原告进行积极沟通是降低损失的有效途径。表达你的诚意和愿意解决问题的态度，尝试寻求和解。了解对方的诉求和要求，看是否能达成和解协议，如通过支付一定的赔偿金来换取对方的撤诉。这不仅可以减少法律诉讼的成本和风险，还有助于维护网店的声誉。

五、准备法律抗辩

如果无法达成和解，你需要准备充分的法律抗辩。根据具体情况，可以选择以下抗辩策略：

1. 合法来源抗辩：如果能证明商品是合法取得的，并且能说明提供者，如提供正规的进货合同、发票等，那么根据《商标法》的规定，你可能不需要承担赔偿责任。
2. 商标合理使用抗辩：如果你使用的是商标的叙述性、说明性词汇，并且出于善意，仅为描述商品特征、用途等，并未作为商标使用，那么不构成侵权。
3. 未实际使用抗辩：如果原告的商标在侵权纠纷发生前三年内未实际使用，且没有其他损失证据，你可以主张不承担赔偿责任。
4. 在先使用抗辩：如果你在商标注册人申请商标注册前，已经在同一种商品或者类似商品上先于商标注册人使用与注册商标相同或者近似并有一定影响的商标，那么你可以在原使用范围内继续使用。

六、加强经营管理，防范未来风险

最后，为了防范未来的商标侵权风险，你需要对网店的经营管理进行全面梳理。加强商品知识产权的审核与管理，确保所有销售的商品都符合相关法律法规的要求。同时，定期对员工进行知识产权培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。

综上所述，当网店面临商标侵权起诉时，通过立即停止侵权行为、全面收集证据、认真研究对方起诉状、积极与原告沟通协商、准备法律抗辩以及加强经营管理等措施，可以有效降低损失并维护网店的合法权益。