当公司拖欠工资时，劳动局（现通常称为人力资源和社会保障局）会根据相关法律法规进行严肃处理，并可能采取一系列处罚措施。以下是对此问题的详细解答：

一、初步调查与责令改正

劳动者在发现公司拖欠工资后，可以向劳动局的劳动保障监察部门投诉或举报。劳动局在接到投诉后，会依法进行审查，并在符合立案条件的情况下立案处理。随后，劳动保障监察部门将进行详细调查，要求用人单位提供工资支付凭证、考勤记录等相关资料，以核实拖欠工资的事实。

一旦查实存在拖欠工资的情况，劳动局将依据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条的规定，责令用人单位限期支付劳动者的工资报酬。这是劳动局处理拖欠工资案件的第一步，也是给予用人单位改正机会的重要环节。

二、加付赔偿金与经济补偿

如果用人单位在劳动局责令的限期内仍未支付工资，将面临额外的赔偿责任。根据《劳动保障监察条例》第二十六条的规定，劳动局可责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。这一措施旨在进一步保障劳动者的合法权益，确保他们能够获得应有的劳动报酬。

此外，对于克扣或无故拖欠劳动者工资，以及支付工资低于最低工资标准的情况，用人单位除需全额支付工资报酬外，还需加发相当于工资报酬一定比例（如25%）的经济补偿金。这些规定共同构成了对用人单位拖欠工资行为的严厉制裁。

三、列入“黑名单”与限制措施

对于情节严重、社会影响恶劣的拖欠工资行为，劳动局将采取更为严厉的处罚措施。具体来说，人力资源社会保障行政部门会将该用人单位及其法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员列入拖欠工资“黑名单”。

一旦被列入“黑名单”，这些单位和个人在政府资金支持、政府采购、招投标、生产许可、资质审核、融资贷款、市场准入、税收优惠、评优评先等方面都将受到严格限制。这一措施旨在通过社会信用体系建设，对拖欠工资行为进行联合惩戒，提高用人单位的违法成本。

四、移送司法机关处理

如果拖欠工资行为构成拒不支付劳动报酬罪，劳动局将依法将案件移送司法机关处理。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大且经政府有关部门责令支付仍不支付的，将面临三年以下有期徒刑或者拘役的刑罚，并处或者单处罚金。若造成严重后果，则可能面临更严厉的刑罚。

五、申请劳动仲裁的时机与步骤

劳动者在发现公司拖欠工资后，除了向劳动局投诉外，还可以选择申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。一般来说，只要劳动关系存续期间，劳动者申请劳动仲裁的时间不受限制。但实践中，如果公司拖欠工资超过一周或明确表示不支付工资，劳动者即可向劳动部门投诉，并在投诉后继续拖欠的情况下申请劳动仲裁。

申请劳动仲裁时，劳动者需要准备好相关材料，如劳动争议申诉书、公司的工商登记资料、身份证复印件以及证据资料等。然后向有管辖权的劳动仲裁委员会申请仲裁，一般都是向所在区、县的劳动仲裁委员会提出申请。

综上所述，公司拖欠工资是严重违法行为，不仅会影响企业的声誉和信誉，还可能面临严重的法律后果。因此，建议所有用人单位务必按时足额支付工资，以避免不必要的法律风险和麻烦。同时，劳动者也应了解自己的合法权益和维权途径，以便在必要时采取合适的行动来维护自己的权益。