在撰写允许排他许可被许可人单独提出专利侵权纠纷申请的协议时，需要确保协议内容清晰、明确，并且符合相关法律法规的规定。以下是一个基于您提供的参考信息制定的协议框架，供您参考：
专利侵权纠纷处理协议
甲方（专利权人）：[专利权人全称]
乙方（排他许可被许可人）：[被许可人全称]
鉴于：
- 甲方是专利号为[专利号]的专利权人，合法拥有该专利的所有权利。
- 甲乙双方已签订排他实施许可合同，乙方在合同约定的范围内享有该专利的排他使用权。
- 为有效维护专利权益，双方就乙方单独提出专利侵权纠纷申请的相关事宜达成如下协议：
一、权利与义务
乙方的权利：
- 在甲方不请求的情况下，乙方有权单独向相关管理部门提出专利侵权纠纷处理请求。
- 乙方有权依据本协议及排他实施许可合同，收集、整理并提交侵权证据材料。
乙方的义务：
- 在提出侵权纠纷处理请求前，乙方应事先通知甲方，并提供相关证据材料的复印件或摘要。
- 乙方应确保提交的所有材料真实、有效，不得夸大或虚构侵权事实。
- 乙方在处理侵权纠纷过程中，应遵守相关法律法规，不得损害甲方的合法权益。
甲方的权利与义务：
- 甲方有权了解乙方提出侵权纠纷处理请求的进展情况，并要求乙方提供相关信息。
- 在乙方提出请求后，甲方应积极配合乙方，提供必要的支持和协助。
- 甲方承诺，在乙方单独提出侵权纠纷处理请求期间，不会自行或委托他人就同一侵权事实重复提出请求。
二、协议生效与终止
- 本协议自双方签字盖章之日起生效。
- 如排他实施许可合同终止或解除，本协议同时终止。
- 双方可协商一致提前终止本协议。
三、争议解决
- 双方因执行本协议发生争议时，应首先通过友好协商解决。
- 协商不成时，任何一方均可向甲方所在地有管辖权的人民法院提起诉讼。
四、其他
- 本协议一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。
- 本协议未尽事宜，双方可另行签订补充协议，补充协议与本协议具有同等法律效力。
甲方（签字/盖章）：__________
日期：__年月__日
乙方（签字/盖章）：__________
日期：__年月__日
请根据实际情况填写上述协议中的[…]部分，并确保所有内容均符合双方的真实意愿及相关法律法规的规定。在签署前，建议双方各自咨询专业律师进行审查。