不能。某公司用自家的包装袋生产假种子，不能辩称是别人假冒他。

首先，从法律角度来看，生产假种子是违法行为，不仅侵犯了消费者的合法权益，也可能对农业生产造成严重影响。如果某公司被查实生产了假种子，那么该公司将承担相应的法律责任，包括但不限于赔偿损失、接受行政处罚等。

其次，关于该公司能否辩称是别人假冒他的问题，这涉及到证据和事实的判断。在法律上，任何辩称都需要有充分的证据来支持。如果该公司无法提供确凿的证据证明是别人假冒其生产假种子，那么这种辩称将不会被法律所认可。

此外，即使该公司能够提供一些证据，也需要经过严格的法律程序和审查，以确定证据的真实性和有效性。如果证据不足或者存在疑点，那么该辩称同样不会被法律所采纳。

因此，从法律角度和事实判断来看，某公司用自家的包装袋生产假种子后辩称是别人假冒他是不成立的。该公司应该承担其生产假种子的法律责任，并积极配合相关部门的调查和处理工作。

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