记者证合法专用章是有效的。根据《新闻记者证管理办法》的相关规定，新闻记者证是我国新闻机构的新闻采编人员从事新闻采访活动使用的有效工作身份证件。新闻记者证由新闻出版总署统一印制、统一编号，并需加盖新闻出版总署印章、新闻记者证核发专用章、新闻记者证年度审核专用章和本新闻机构钢印方为有效。这些印章的加盖是新闻记者证合法性的重要标志，也是新闻采编人员从事新闻采访活动的合法凭证。

具体来说，新闻记者证核发专用章是新闻出版总署在核发新闻记者证时加盖的专用印章，它证明了该记者证是由新闻出版总署合法核发的，具有法律效力。因此，持有加盖了新闻记者证核发专用章的记者证，新闻采编人员在从事新闻采访活动时，可以依法享有相应的权益和保护。

同时，《新闻记者证管理办法》也规定了新闻记者证的使用和管理要求，包括新闻记者证不得用于经营性活动、非职务行为、违反法律规定的活动和违反新闻职业道德的活动等。新闻机构也应对所属新闻采编人员记者证的管理负责，确保记者证的合法使用和管理。

综上所述，记者证合法专用章是有效的，它是新闻记者证合法性的重要标志之一，也是保障新闻采编人员合法权益的重要凭证。