针对您提出的“淘宝店专利侵权被起诉赔偿三万合法吗”这一问题，首先我需要明确的是，是否合法需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是我从专业角度对此问题的详细分析：
结论前置
是否合法需依据实际侵权情况、赔偿数额的合理性以及法律依据来综合判断。若确实存在专利侵权且赔偿数额合理，则被起诉赔偿三万是合法的。
具体分析
专利侵权的判定：
- 专利侵权是指未经专利权人许可，以生产经营为目的，实施了依法受保护的有效专利的违法行为。在淘宝店销售侵犯他人专利权的产品，即构成专利侵权。
- 判定专利侵权需考虑侵权产品是否落入了专利权的保护范围，这通常需要对专利权利要求书进行解读，并与被控侵权产品进行比对。
赔偿数额的合理性：
- 赔偿数额的确定需依据《中华人民共和国专利法》及相关司法解释的规定。
- 赔偿数额可以依据权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益或者参照该专利许可使用费的倍数合理确定。
- 在实际操作中，赔偿数额的确定还需考虑侵权行为的性质、情节、持续时间、影响范围等因素。
- 因此，赔偿三万是否合理需根据具体案件情况来判断，包括侵权行为的严重程度、侵权产品的销售量、权利人因侵权所遭受的损失等。
法律依据：
- 《中华人民共和国专利法》第六十三条明确规定了侵犯专利权的赔偿数额确定方式。
- 若权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予五百万元以下的赔偿。
综合建议
- 若您的淘宝店确实存在专利侵权行为，应尽快停止侵权行为，并与权利人协商赔偿事宜。
- 若您对侵权判定或赔偿数额有异议，可寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
- 在未来的经营活动中，应加强知识产权保护意识，避免销售侵犯他人专利权的产品。
总之，是否合法需根据具体情况来判断。若您对此问题有进一步疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。