关于侵犯商业秘密罪中损失的认定，公安机关在侦办此类案件时会依据相关法律法规和司法解释进行。以下是对此问题的详细解答：

一、重大损失的认定标准

根据我国刑法第二百一十九条及最高人民检察院、公安部发布的《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》，侵犯商业秘密罪中的“重大损失”主要包括以下几种情形：

1. 给商业秘密权利人造成损失数额在50万元以上的；
2. 因侵犯商业秘密违法所得数额在50万元以上的；
3. 致使商业秘密权利人破产的；
4. 其他给商业秘密权利人造成重大损失的情形。

二、重大损失的计算方法

在刑事司法实践中，重大损失的计算通常参照法律规定的侵权人应当承担的民事赔偿数额来确定。具体计算方法包括：

1. 直接计算损失法：通过对比分析法，比较侵权期间与上一年度或相同时间段、相同生产量情况下的获利，利润的缩减量即为直接经济损失。
2. 成本计算法：审计核算权利人研究、开发、生产、保护商业秘密投入的费用，累计得出总额。
3. 许可使用费用法：以权利人对商业秘密许可他人使用的同等条件下的合理价格确认。
4. 计算侵权人获利法：在权利人损失难以计算的情况下，将侵权人在侵权期间因侵权行为所获得的利润视为权利人的损失。

需要注意的是，刑法上所规定的损失数额的计算方法与民法上规定的损失金额的计算方法不同。刑法上只计算犯罪行为直接引起的损失数额，不包括可能产生的收益或利息。

三、破产或其他重大损失的认定

对于致使商业秘密权利人破产的认定，不一定以法院宣告破产为标准。若权利人因侵权行为丧失竞争优势，企业被迫处于倒闭、停产、歇业等情形，也可视为此种情形。至于“其他重大损失”，在没有明确司法解释的情况下，可结合具体案件情况，如导致权利人商品滞销、严重积压，或致使权利人的营利性服务严重受挫等，进行综合判断。

四、公安机关的认定程序

公安机关在侦办侵犯商业秘密罪案件时，会依法收集证据，包括商业秘密的存在、侵权行为的实施、损失的计算等方面的证据。对于损失的认定，公安机关会依据上述标准和计算方法，结合案件具体情况进行综合评估。若案件涉及复杂的技术问题或专业知识的判断，公安机关还可能委托专业的鉴定机构或专家进行鉴定。

综上所述，侵犯商业秘密罪中损失的认定是一个复杂而细致的过程，需要公安机关依法、公正、客观地进行评估。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。