侵害经营秘密纠纷中的损失认定，主要围绕经济损失展开，且需达到一定数额标准或造成严重后果。以下从损失认定的标准、计算方法及特殊情形三个方面进行详细阐述：
一、损失认定的标准
根据我国刑法及相关司法解释，侵犯商业秘密罪（经营秘密属于商业秘密范畴）的客观要件之一是造成商业秘密权利人重大损失。这里的“重大损失”应当仅限于经济损失，且立法并未明确解释何为“重大损失”。不过，2010年5月7日，最高人民检察院、公安部发布的《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》中，对侵犯商业秘密罪的追诉标准进行了明确，其中包括给商业秘密的权利人造成损失数额在50万元以上的情形。这一标准为我们认定“重大损失”提供了具体数额上的参考。
二、损失的计算方法
在侵害经营秘密纠纷中，损失的计算是一个复杂而关键的问题。由于商业秘密是一种无形资产，其损失往往难以直接量化。目前，司法实践中主要采用以下几种计算方法：
直接计算损失法：
- 即直接计算权利人在被侵权期间失去的利润。
- 可采取对比分析法，比较侵权期间的上一年度相同时间段、相同生产量的情况下的获利，利润的缩减量就是其侵权期间的直接经济损失。
- 这种方法主要适用于市场行情相对稳定、权利人生产、经营处于连续状态、生产、经营的记载数量资料齐备、企业没有处于破产或者倒闭等状态的情形。
成本计算法：
- 审计核算权利人研究、开发、生产、保护商业秘密投入的费用，累计得出总额。
- 这种方法主要适用于权利人开发商业秘密不久尚未投入生产和经营，即被侵犯，致使商业秘密在行业内广为扩散、传播，使其权利人研究、开发技术和经营信息完全丧失秘密性，已经无采取保密措施之必要的条件下。
许可使用费用法：
- 即以权利人对商业秘密许可他人使用的同等条件下的合理价格确认。
- 这种方法主要适用于权利人对商业秘密已与他人进行有偿许可使用的先例，且相距时间较近的情形，或者权利人与侵权人曾就商业秘密有偿使用达成过协议，后侵权人以种种借口不履行合同的情形。
计算侵权人获利法：
- 在前面三种方法适用条件均不具备，权利人的损失难以计算的情况下，可以通过反向思维，把权利人的损失额作为侵权人在侵权期间因侵权行为所获得的利润。
- 这种方法在反不正当竞争法中有明文规定，但运用到刑事司法中要特别慎重。计算时，一般以销售收入减去销售成本等于销售利润的公式予以计算，也可以销售额乘以平均利润率为计算公式。
三、特殊情形的认定
除了上述数额标准外，司法解释还将侵犯商业秘密罪“重大损失”的另一个标准规定为致使权利人破产或者造成其他重大损失。对于这些特殊情形的认定，需要注意以下几点：
致使权利人破产：
- 实践中，对于致使造成权利人破产的认定，不一定以法院宣告破产为标准。
- 因以此为标准，将使刑事案件因破产案件审理期限较长而影响对此类案件及时侦破和查处，应作宽泛理解。
- 致使权利人丧失竞争优势，企业被迫处于倒闭、停产、歇业等情形，可视为此种情形。
造成其他重大损失：
- 在目前没有明确司法解释的情况下，可将下列情形认定为其他严重后果：
- 导致权利人商品滞销，严重积压的；
- 致使权利人的营利性服务严重受挫的；
- 侵权人将其非法所得的商业秘密多次或者向多人披露、使用或者允许他人使用的。
- 对于“其他重大损失”的具体程度，虽然立法没有明确规定，但一般理解为通过评估，以上两种情况下造成的损失应当分别达到一定数额以上（如50万元以上），以体现其“重大性”。
总结与建议：在侵害经营秘密纠纷中，损失的认定是一个复杂而关键的问题。为了准确认定损失，建议权利人及时收集、保存相关证据，如财务记录、市场调研报告、许可使用协议等。同时，在必要时寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到有效维护。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。