市场监管局调查取证时，不能以商业秘密为由完全拒绝。下面我来详细解释一下这个结论：

首先，我们要明确市场监管局在执法过程中有权进行调查取证，这是其履行监管职责的重要方式。当市场监管局依法对某个企业进行调查时，企业应当配合，提供相关的资料和信息。

然而，商业秘密作为企业的核心竞争力和重要资产，确实需要得到保护。在《反不正当竞争法》等法律法规中，对商业秘密的保护有明确的规定。因此，在市场监管局调查取证过程中，如果涉及商业秘密，企业可以提出相应的保护要求。

具体来说，企业可以在配合调查的同时，向市场监管局说明哪些信息属于商业秘密，并请求采取适当的保密措施。市场监管局在收到这样的请求后，应当依据相关法律法规，对涉及商业秘密的信息进行保密处理，确保不会泄露给不相关的第三方。

此外，如果企业认为市场监管局的调查取证行为侵犯了其商业秘密，还可以通过法律途径进行维权。例如，可以向有关部门投诉，或者向法院提起诉讼，要求停止侵权行为并赔偿损失。

综上所述，市场监管局调查取证时，企业不能以商业秘密为由完全拒绝配合。但可以在配合的同时，提出对商业秘密的保护要求，并依法维护自己的合法权益。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。