在行政诉讼中，涉及商业秘密的证据确实需要质证，但这一过程需特别谨慎，以确保商业秘密的保密性。

质证前的准备

1. 明确商业秘密范畴：首先，应明确哪些证据属于商业秘密，这通常包括不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
2. 审查证据合法性：确认证据是否通过合法途径获取，以及证据的收集程序是否符合法律规定。
3. 评估证据关联性：判断证据是否与案件事实存在直接关联，能否证明或反驳案件中的某一事实。

质证过程中的注意事项

1. 保护机密性：质证过程中，应采取必要的保密措施，如申请不公开审理、限制旁听人员等，以防止商业秘密泄露。
2. 质证真实性：对商业秘密证据的真实性提出质疑，询问证据的来源、形成过程等，并要求对方提供证据证明其掌握的商业秘密的合法性和真实性。
3. 质证完整性：检查商业秘密证据是否完整，是否存在被篡改、删减等情形。如发现证据不完整或存在疑点，可以要求对方补充或解释。
4. 运用专业知识：如果涉及专业技术问题，可以聘请相关领域的专家进行辅助质证，对商业秘密的技术内容、价值等进行评估和鉴定。
5. 遵守程序规则：按照法庭规定的质证程序进行陈述和辩论，注意发言顺序和时间限制。

质证后的处理

1. 总结质证意见：质证结束后，及时总结质证意见，并向法庭提交书面材料，明确指出对方证据存在的问题和不足，以及己方证据的优势和证明力。
2. 关注法庭处理：了解法庭对商业秘密证据的认定和处理情况。如对法庭的处理结果有异议，可以在规定时间内提出上诉或申请再审。

综上所述，在行政诉讼中，涉及商业秘密的证据质证是一个需要谨慎处理的过程，既要确保当事人的质证权利得到充分保障，又要严格保护商业秘密不被泄露。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。