个人注册网店商品通过互联网法院被起诉商标侵权，是否需要赔款，这取决于多个因素，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、商标侵权成立与否
若商标侵权成立：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十三条，侵犯商标专用权的赔偿数额，首先按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定。这要求权利人提供充分的证据来证明其实际损失，比如因侵权导致的销售额下降、利润减少等。
- 如果实际损失难以确定，那么可以按照侵权人因侵权所获得的利益来确定赔偿数额。这意味着，如果你因销售侵权商品而获得的利润，将被视为权利人的损失，需要赔偿给权利人。
- 若权利人的损失或者侵权人获得的利益都难以确定，那么可以参照该商标许可使用费的倍数来合理确定赔偿数额。这通常适用于权利人和侵权人之间的损失或获利难以计算的情况。
- 对于恶意侵犯商标专用权，情节严重的，还可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额，这是对恶意侵权行为的惩罚性赔偿。
- 在确定赔偿数额时，人民法院还会考虑权利人为制止侵权行为所支付的合理开支，如调查取证费用、律师费用等，这些费用也将被计入赔偿数额中。
- 如果权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费都难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予五百万元以下的赔偿。
若商标侵权不成立：
- 如果你能够证明你的商品并未侵犯他人的商标权，比如你的商品使用的是自己的商标，或者你的使用行为属于合理使用、在先使用等法定免责情形，那么你就不需要承担赔偿责任。
二、应对策略与建议
积极应诉：
- 如果你收到了互联网法院的起诉状，不要惊慌失措，也不要忽视不理。你应该积极应诉，按照法院的要求提交答辩状和相关证据，以维护自己的合法权益。
寻求专业帮助：
- 商标侵权案件往往涉及复杂的法律问题和证据收集，如果你对法律程序不熟悉或者对案件处理没有把握，建议寻求专业律师的帮助。我可以为你提供专业的法律咨询和代理服务，帮助你更好地应对商标侵权纠纷。
保留证据：
- 在应诉过程中，你需要保留好与案件相关的所有证据，比如商品的销售记录、进货凭证、商标注册证书等。这些证据将有助于你证明自己的清白或者减轻赔偿责任。
考虑和解：
- 如果双方都有和解的意愿，你也可以考虑与权利人进行和解。和解可以节省时间和精力，避免长时间的诉讼纠纷。当然，和解的具体条款和条件需要双方协商确定。
总结来说，个人注册网店商品通过互联网法院被起诉商标侵权是否需要赔款，取决于商标侵权是否成立以及具体案件情况。如果你面临这样的纠纷，建议你积极应诉、寻求专业帮助、保留证据，并考虑和解的可能性。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。