在侵权作者案件中，关于谅解书的出具主体，无论是总公司还是代理公司，都不是绝对的，关键在于谁实际实施了侵权行为或与侵权行为有直接关联。以下是对此问题的详细分析：
一、谅解书的出具主体
总公司：如果侵权行为是由总公司直接实施，或者总公司对侵权行为负有直接责任（如决策、指挥等），那么总公司作为侵权行为的直接责任方，出具谅解书是合理的。这有助于体现总公司对侵权行为的认知和改正态度，同时也可能对量刑产生积极影响。
代理公司：如果侵权行为是由代理公司独立实施，且总公司并未直接参与或指挥该行为，那么代理公司作为侵权行为的直接实施者，出具谅解书也是合适的。在这种情况下，代理公司需要对其行为负责，并通过出具谅解书来表达对侵权行为的悔过之意。
二、谅解书的作用与影响
谅解书在刑事案件中，特别是涉及知识产权侵权的案件中，具有一定的作用。它体现了侵权方对侵权行为的认知、悔过态度以及愿意赔偿损失、改正错误的意愿。在量刑时，法院可能会考虑这一因素，对侵权方从轻或减轻处罚。然而，谅解书并非决定量刑的唯一因素，法院还会综合考虑侵权行为的性质、情节、后果以及侵权方的认罪态度、赔偿情况等因素。
三、法律建议
明确侵权主体：在出具谅解书之前，需要明确侵权行为的主体是谁。是总公司直接实施，还是代理公司独立实施，或者是两者共同实施。这有助于确定谁应该出具谅解书。
真诚悔过：无论是由总公司还是代理公司出具谅解书，都需要体现真诚的悔过态度。这包括承认侵权行为、表达歉意、承诺不再发生类似行为以及积极赔偿损失等。
咨询专业律师：在涉及知识产权侵权的刑事案件中，情况往往比较复杂。因此，建议在出具谅解书之前咨询专业律师的意见。律师可以根据案件的具体情况，提供法律建议和指导，帮助侵权方更好地应对案件。
最后需要强调的是，无论是由总公司还是代理公司出具谅解书，都不是决定量刑的唯一因素。法院在量刑时会综合考虑多种因素，包括侵权行为的性质、情节、后果以及侵权方的认罪态度、赔偿情况等。因此，在处理此类案件时，建议侵权方积极配合调查、真诚悔过并积极赔偿损失，以争取从轻或减轻处罚。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。