在处理连锁店侵权主体确定的问题时，我们首先要明确的是，连锁企业中的侵权责任可以涉及多个主体，包括加盟店和特许方。以下是对这一问题的详细解答：
一、连锁企业侵权责任的基本原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。这意味着，在连锁企业中，无论是加盟店还是特许方，只要其行为导致了他人权益的损害，且存在过错，就应当承担相应的侵权责任。
二、加盟店的侵权责任
直接责任：当加盟店在经营过程中因自身行为（如产品质量问题、服务不当等）导致消费者或其他第三方权益受损时，加盟店作为直接的行为人，应当承担侵权责任。
合同相对性突破：在连锁经营中，虽然加盟店与特许方之间存在合同关系，但消费者在选择追究责任时，并不受合同相对性的限制。即消费者可以直接向加盟店主张权利，要求其承担侵权责任。
三、特许方的侵权责任
连带责任：在某些情况下，特许方也可能对加盟店的侵权行为承担连带责任。这通常发生在特许方对加盟店的经营活动存在过度控制或管理不善，导致加盟店行为失控并引发侵权时。
品牌与声誉责任：特许方作为品牌所有者，有责任确保其品牌下的加盟店遵守法律法规和行业标准。如果加盟店的侵权行为损害了特许方的品牌声誉，特许方也可能需要承担一定的责任。
四、侵权责任的确定与追究
证据收集：在确定侵权责任时，首先需要收集充分的证据来证明侵权行为的存在以及侵权主体与损害结果之间的因果关系。
法律途径：如果侵权方拒绝承担责任，受害方可以通过法律途径来维护自己的权益。这包括向人民法院提起诉讼，要求侵权方承担相应的赔偿责任。
专业咨询：在处理复杂的连锁企业侵权问题时，建议受害方寻求专业的法律咨询或代理服务，以确保自己的权益得到充分保护。
五、具体操作建议
明确侵权行为：首先，要明确具体的侵权行为是什么，以及该行为是由哪个主体（加盟店还是特许方）实施的。
收集证据：收集与侵权行为相关的所有证据，包括但不限于产品样本、服务记录、消费者投诉、现场照片或视频等。
协商与调解：在提起诉讼之前，可以尝试与侵权方进行协商或调解，看是否能够达成和解协议。
提起诉讼：如果协商或调解无果，可以向人民法院提起诉讼，要求侵权方承担相应的赔偿责任。
综上所述，连锁企业侵权责任的确定涉及多个方面，包括加盟店和特许方的责任划分、证据收集、法律途径选择等。在处理此类问题时，建议受害方保持冷静、理性，并寻求专业的法律帮助以确保自己的权益得到充分保护。