在专利侵权案件中，若原告输了且案件涉及专利无效的认定，关于专利无效的费用承担问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、一般原则：败诉方承担诉讼费用
基本规则：
- 根据《诉讼费用交纳办法》及相关法律规定，在民事诉讼中，诉讼费用（包括案件受理费、申请费等）原则上由败诉方负担。这一原则同样适用于专利侵权诉讼。
- 若原告作为败诉方，且案件涉及专利无效的认定，那么原告通常需要承担与专利无效相关的诉讼费用，如申请费、鉴定费等（若这些费用被纳入诉讼费用范畴或由法院根据案件情况判定由败诉方承担）。
部分胜诉、部分败诉的情况：
- 若案件中存在部分胜诉、部分败诉的情况，法院会根据案件具体情况，决定当事人各自负担的费用数额。例如，若原告在专利无效方面部分胜诉，但在侵权认定方面败诉，法院可能会根据双方过错程度、诉讼请求合理性等因素，裁定双方各自承担一部分费用。
二、特殊情况下的费用承担
调解结案：
- 若案件经人民法院调解达成协议，诉讼费用的负担由双方当事人协商解决。协商不成时，由人民法院决定。在这种情况下，专利无效的费用承担可能根据调解协议或法院裁定来确定。
撤诉或驳回起诉：
- 若原告申请撤诉或法院驳回起诉，案件受理费通常由原告负担。但这一规则主要针对案件受理费，对于专利无效的具体费用（如鉴定费、专家咨询费等），可能需要根据案件具体情况和法院裁定来确定。
特定案件的特殊裁定：
- 对于涉及公共利益或国家利益的特定专利侵权案件，法院可能会根据实际情况对诉讼费用的承担作出特别裁定。这包括专利无效的费用承担。
三、实际应用中的注意事项
证据准备：
- 在专利侵权诉讼中，无论原告还是被告，都应充分准备证据，包括专利有效性证明、侵权行为证明、损失计算依据等。对于专利无效的认定，原告尤其需要准备充分的证据来支持其专利的有效性，以避免因专利无效而败诉并承担相关费用。
积极沟通与和解：
- 双方当事人在诉讼过程中应积极沟通，寻求和解或调解的可能性。这不仅可以减轻诉讼费用负担，还可以尽快解决纠纷，避免长时间的法律程序。
法律咨询与指导：
- 若对诉讼费用承担有疑问或争议，应及时咨询专业律师以获取准确的法律建议和指导。作为专业律师，我可以根据您的具体情况提供针对性的法律意见。
总结与建议：
在专利侵权案件中，若原告输了且案件涉及专利无效的认定，原告通常需要承担与专利无效相关的诉讼费用。但具体费用承担方式可能因案件情况、法律规定及法院裁定而有所不同。因此，建议您在面临此类问题时，及时咨询专业律师以获取准确的法律建议和指导。如果您有任何关于知识产权或专利权方面的法律问题，都可以直接向我咨询。