结论：盗拿公司财务12万，赔偿40万是否合理，需结合具体案情、法律规定及赔偿协议内容综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律责任角度
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
- 盗拿公司财务12万，若构成职务侵占罪，且数额达到“数额较大”标准（具体标准可能因地区而异，但12万通常已超过多数地区的起罚点），则可能面临刑事处罚。
民事责任：
- 盗拿公司财务的行为，同时构成对公司财产权的侵害，公司有权要求行为人承担民事赔偿责任。
- 赔偿范围通常包括直接损失（即被盗拿的财务价值）和可能产生的间接损失（如因财务被盗导致的业务中断、额外支出等）。
二、赔偿金额合理性分析
直接损失：
- 直接损失为被盗拿的财务价值，即12万。这是赔偿金额的基础部分。
间接损失与惩罚性赔偿：
- 间接损失：若公司能证明因盗拿行为产生了额外的经济损失（如业务中断导致的利润损失、为追回财务而支付的额外费用等），这部分损失也应纳入赔偿范围。
- 惩罚性赔偿：在民事法律中，惩罚性赔偿并非普遍适用，通常需法律明确规定或合同特别约定。若双方未就惩罚性赔偿达成协议，则赔偿金额一般不应超过实际损失。
- 赔偿40万的合理性：若赔偿40万中包含了合理的间接损失，且双方通过协商或诉讼达成了赔偿协议，则该金额可能是合理的。但若赔偿金额远超实际损失（包括直接和间接损失），且无法律或合同依据，则可能被视为不合理。
三、赔偿协议与法律程序
赔偿协议：
- 若行为人与公司已就赔偿金额达成协议，且该协议不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该协议具有法律效力，双方应依约履行。
- 若赔偿协议显失公平或存在欺诈、胁迫等情形，受损方有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销或变更。
法律程序：
- 若双方无法就赔偿金额达成一致，公司可通过民事诉讼途径要求行为人承担赔偿责任。
- 在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据，结合法律规定和案件事实，判决行为人承担相应的赔偿责任。
四、建议
对于行为人：
- 若认为赔偿金额过高，可与公司协商降低赔偿金额，或寻求法律援助，通过法律程序维护自己的合法权益。
- 若已签订赔偿协议，但认为协议存在不公平情形，可咨询专业律师，了解撤销或变更协议的可能性。
对于公司：
- 在要求赔偿时，应确保赔偿金额合理，且能提供充分的证据支持自己的主张。
- 若与行为人无法就赔偿金额达成一致，可考虑通过法律途径解决争议。
总结：盗拿公司财务12万，赔偿40万是否合理，需结合具体案情、法律规定及赔偿协议内容综合判断。若您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更详细的法律建议。