结论前置：自动离职扣3天工资是否违法，需根据具体情况判断，若用人单位无法证明因员工自动离职造成实际损失，则扣3天工资违法；若能证明且扣除金额合理，则可能合法。以下从不同角度详细分析：

一、法律对工资扣除的基本规定

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

关键点：

1. 扣除前提：必须是员工给用人单位造成了实际经济损失。
2. 扣除限额：每月扣除不得超过工资的20%，且扣除后工资不得低于最低工资标准。

二、自动离职扣3天工资的合法性分析

1. 若用人单位无法证明损失：

   • 自动离职本身并不直接等同于给用人单位造成经济损失。若用人单位无法提供证据证明因员工自动离职导致具体损失（如招聘替代人员的费用、项目延误的损失等），则扣除3天工资缺乏法律依据，属于违法行为。

2. 若用人单位能证明损失且扣除合理：

   • 若用人单位能提供充分证据证明因员工自动离职造成了实际经济损失，且扣除的3天工资在合理范围内（即不超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不低于最低工资标准），则扣除行为可能合法。
   • 举例：员工月工资为5000元，自动离职导致用人单位需支付额外招聘费用1000元。若用人单位扣除员工3天工资（约575元，假设按21.75天计算），且扣除后工资不低于最低工资标准，则扣除行为可能合法。

三、员工权益保护建议

1. 核实损失证据：若用人单位扣除工资，员工可要求用人单位提供因自动离职造成损失的证据。若用人单位无法提供，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
2. 计算扣除限额：员工可自行计算用人单位扣除的工资是否超过当月工资的20%，以及扣除后工资是否低于最低工资标准。若超过限额或低于标准，员工有权要求用人单位补足。
3. 保留证据：员工应保留与用人单位的劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以便在争议发生时维护自身权益。

四、用人单位合规建议

1. 完善劳动合同：用人单位应在劳动合同中明确约定员工自动离职的赔偿责任及扣除工资的条款，确保条款合法合规。
2. 及时取证：若员工自动离职给用人单位造成损失，用人单位应及时收集证据（如招聘费用发票、项目延误证明等），以便在争议发生时提供有力支持。
3. 合理扣除：用人单位在扣除员工工资时，应确保扣除金额在合理范围内，且扣除后工资不低于最低工资标准，避免因违法扣除而引发劳动争议。

总结：自动离职扣3天工资是否违法，需根据用人单位是否能证明损失及扣除金额是否合理来判断。员工和用人单位均应了解相关法律规定，确保自身行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步帮助，可直接向我咨询。