核心结论：公章作为公司重要凭证，若因纠纷被个人持有，公司应尽快通过合法途径取回，避免潜在法律风险。具体处理方式需结合纠纷性质、公章持有原因及双方关系综合判断，以下是分情况说明：

1. 若公章被原管理人员或离职员工非法占有

• 法律依据：根据《民法典》第235条，公司作为公章所有权人，有权要求无权占有人返还原物；若对方拒不归还，可依据《公司法》第149条追究其损害公司利益的责任。
• 处理步骤：
  1. 书面催告：公司应首先向持章人发送《公章返还通知书》，明确要求限期归还，并留存送达证据（如邮寄凭证、签字回执）。
  2. 协商解决：若对方配合，可签订书面交接协议，注明公章状态及归还时间，避免后续争议。
  3. 诉讼途径：若协商无果，公司可向法院提起“返还原物纠纷”诉讼，同时申请“行为保全”（即要求法院裁定持章人立即停止使用公章），防止其利用公章签署文件损害公司利益。

2. 若公章因合同纠纷被对方持有（如合作方、债权人）

• 关键点：需区分公章是“暂时保管”还是“作为纠纷解决条件”。例如，若双方约定“以公章抵押担保债务”，则需先解决债务问题才能取回。
• 处理建议：
  1. 核查合同条款：检查合同中是否有关于公章保管、归还的约定，若有明确条款，可依据合同要求对方返还。
  2. 协商置换：若对方以公章为谈判筹码，可提出用其他担保方式（如保证金、第三方担保）置换公章，降低风险。
  3. 诉讼与保全并行：若对方无合法依据持有公章，公司可同时起诉要求返还公章并赔偿损失，并申请法院查封、扣押公章，防止其被滥用。

3. 若公章被内部人员滥用（如私自盖章签署文件）

• 法律风险：持章人可能构成“无权代理”或“表见代理”，若第三方善意（不知情且无过失），公司可能需承担合同责任，后续再向持章人追偿。
• 紧急措施：
  1. 公告作废：立即通过报纸、官网等渠道发布《公章作废声明》，降低第三方对公章效力的信赖。
  2. 报案处理：若持章人涉嫌盗窃、诈骗等犯罪，可向公安机关报案，通过刑事手段追回公章并追究责任。
  3. 内部追责：依据公司章程或规章制度，对滥用公章的人员进行内部处分（如辞退、赔偿损失），并完善公章管理制度（如双人保管、用章审批登记）。

4. 特殊情形：公章被抢夺或丢失后被他人持有

• 处理原则：优先保障公司利益，避免公章被用于非法活动。
• 具体操作：
  1. 立即挂失：向公安机关备案公章丢失，并重新刻制新章（需提供营业执照、法定代表人身份证等材料）。
  2. 通知相关方：书面告知客户、合作伙伴、银行等机构原公章作废，防止被冒用。
  3. 追责与索赔：若公章被抢夺，可追究抢夺者侵权责任；若因管理疏漏导致丢失，需完善制度并追究相关人员责任。

温馨提示：公章纠纷处理需兼顾“效率”与“合规”，建议公司：

• 日常建立公章使用台账，明确用章人、事由、时间；
• 指定专人保管公章，避免多人经手；
• 定期检查公章状态，发现异常立即采取措施。

如有具体案件细节（如纠纷原因、持章人身份、公章使用情况等），可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。