房屋损坏鉴定应由具备专业资质、技术能力和法律效力的机构进行，具体选择需根据房屋损坏的原因、程度及鉴定需求来确定。以下是从不同角度为您详细分析的解答：
一、根据房屋损坏原因选择鉴定机构
施工质量问题：
- 若房屋损坏是由于施工质量问题导致，如墙体裂缝、楼板渗漏等，您可以选择专业房屋质量检测与鉴定机构。这些机构通常拥有资深的技术人员和先进的检测设备，能够依据相关标准和规范，对房屋的损坏情况进行全面、系统的检测和评估。
- 同时，您也可以向建筑工程质量监督部门（如地方住房和城乡建设委员会、建设局监理公司等）申请鉴定。这些部门作为政府职能部门，具有权威性和公正性，对建筑工程质量相关法规和标准有深入理解和把握。
地质因素或自然灾害：
- 若房屋损坏怀疑由地质因素（如地面沉降、山体滑坡）或自然灾害（如地震、洪水）引起，您可以选择地质勘查部门或房屋安全鉴定机构进行鉴定。地质勘查部门能够勘查房屋所在区域的地质情况，分析地质因素与房屋受损的关系；而房屋安全鉴定机构则能够全面检查和分析房屋地基基础、主体结构等，评定安全等级，并提出处理建议。
周边施工影响：
- 若房屋损坏是由于周边施工（如地铁建设、大型建筑施工）过程中的违规行为导致，您可以向城管局（城市管理和综合执法局）反映情况，并要求其监督和管理城市规划区内的建设活动，查处违规施工行为。同时，您也可以委托专业房屋质量检测与鉴定机构对房屋损坏情况进行鉴定，以明确责任主体。
二、根据鉴定需求选择鉴定机构
涉及法律纠纷：
- 若房屋损坏涉及法律纠纷，如租赁、买卖过程中的损坏纠纷，或因自然灾害、相邻施工等原因导致的赔偿纠纷，您应选择司法鉴定机构进行鉴定。司法鉴定机构出具的鉴定报告具有法律效力，鉴定过程严格遵循法定程序，能够为司法审判提供重要证据。
一般性损坏评估：
- 若您仅需要对房屋的一般性损坏进行评估，以便进行维修或改造，您可以选择具有资质的第三方房屋鉴定机构或房屋安全鉴定站（所）。这些机构能够依据相关标准和规范，对房屋的损坏情况进行评估，并提供维修或改造建议。
复杂或研究性损坏问题：
- 对于一些复杂的、具有研究价值的房屋损坏问题，如新型建筑材料导致的损坏、特殊地质条件下房屋的损坏等，您可以考虑委托高校或科研机构的相关实验室进行鉴定。这些机构拥有深厚的学术研究背景和先进的实验设备，能够进行深入的分析和研究，提供专业的鉴定意见。但需注意，这类机构主要侧重于理论研究和技术探索，鉴定周期可能相对较长。
三、选择鉴定机构的注意事项
- 专业性：确保所选机构具备相关专业资质和技术能力，能够准确识别并评估房屋损坏的原因和程度。
- 权威性：优先选择政府职能部门或经官方认证的机构，以确保鉴定结果的公正性和法律效力。
- 信誉度：了解机构的口碑和服务质量，避免选择存在不良记录的机构。
- 提供必要资料：在委托鉴定时，您需准备房屋所有权证书或能够证明其房屋所有权关系的有效证件等相关资料，以便鉴定机构更好地进行鉴定工作。
总结与建议：房屋损坏鉴定是一项专业且复杂的工作，选择合适的鉴定机构至关重要。您应根据房屋损坏的原因、程度及鉴定需求，综合考虑机构的专业性、权威性和信誉度等因素，选择最适合的鉴定机构。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。