若员工在一年内两次发生工伤且受伤部位不同，赔偿需根据两次工伤的伤残等级分别计算，最终合并赔偿。具体分析如下：

1. 两次工伤的医疗费用与停工留薪期工资
   两次工伤产生的医疗费用、康复费用、住院伙食补助费等，均由工伤保险基金或用人单位（未参保时）按实际发生额全额支付。停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付，期限以医疗机构出具的证明为准，两次工伤的停工留薪期独立计算并叠加。

2. 两次工伤的伤残等级鉴定与赔偿
   若两次工伤均构成伤残，需分别进行劳动能力鉴定（伤残等级分为一至十级）。赔偿项目包括：

   • 一次性伤残补助金：按两次工伤各自的伤残等级，从工伤保险基金一次性支付（标准：本人工资×伤残等级对应月数，如十级为7个月）。
     
   • 一次性工伤医疗补助金与一次性伤残就业补助金：若员工与用人单位解除或终止劳动关系，需按两次工伤的伤残等级分别计算，由工伤保险基金和用人单位支付（具体标准因地而异，如某省十级伤残分别为4个月、8个月社平工资）。
     

3. 合并赔偿的特殊情形
   若两次工伤导致同一部位或功能重复损伤，可能影响伤残等级鉴定结果（如升级），此时需以最终鉴定结论为准，合并计算赔偿。但若两次工伤部位完全独立（如左手与右腿），则严格按两次伤残等级分别赔偿。

建议：及时向当地社会保险行政部门申请工伤认定，并在伤情稳定后申请劳动能力鉴定，保留医疗记录、费用单据等证据。若对赔偿计算有疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的具体政策详细解答。