结论前置：关于按人头分的安置房，协议公证完后若不配合转户，法院是否会直接判决的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。

1. 公证协议的法律效力

首先，公证是一种法律行为，它赋予了协议更强的法律效力和证明力。经过公证的安置房分配协议，在法律上具有更高的可信度和执行力。但这并不意味着，一旦协议公证，对方就必须无条件配合转户。

2. 法院判决的依据

法院在判决此类案件时，会综合考虑多个因素，包括但不限于：

• 协议内容：法院会仔细审查安置房分配协议的具体内容，包括双方的权利义务、转户的具体条款等。如果协议中明确规定了转户的时间、方式、责任等，且这些条款合法有效，那么法院在判决时可能会依据这些条款来作出裁决。
• 双方行为：法院还会考虑双方在协议履行过程中的行为。如果一方已经按照协议履行了自己的义务，而另一方却无正当理由拒绝配合转户，那么法院可能会倾向于支持已经履行义务的一方。
• 法律规定：当然，法院的判决也必须符合法律规定。如果协议中的某些条款违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，那么这些条款可能会被认定为无效，法院在判决时也不会予以支持。

3. 可能的法律后果

• 如果协议合法有效且对方无正当理由拒绝配合：在这种情况下，法院可能会判决对方配合转户，并可能承担因拒绝配合而产生的违约责任或赔偿责任。
• 如果协议存在瑕疵或对方有合理理由拒绝配合：如果协议本身存在瑕疵，如条款不明确、违反法律规定等，或者对方有合理理由拒绝配合转户（如协议签订时存在欺诈、胁迫等情形），那么法院可能会判决驳回原告的诉讼请求，或者要求双方重新协商、修改协议。

4. 建议

• 在签订协议前：务必确保协议内容明确、合法有效，并充分考虑各种可能的情况和风险。如果可能的话，可以请专业律师对协议进行审查和修改。
• 在协议履行过程中：如果遇到对方不配合转户的情况，可以先尝试通过协商、调解等方式解决。如果协商、调解无果，再考虑通过法律途径解决。
• 在提起诉讼前：务必收集好相关证据，如公证协议、履行义务的证明、对方拒绝配合的证据等。这些证据将有助于法院在判决时作出更公正、合理的裁决。

总结：按人头分的安置房协议公证完后，若对方不配合转户，法院是否会直接判决取决于多种因素。因此，在处理此类问题时，建议务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。