施工单位发现员工盗窃公司财产，应首先固定证据，并根据盗窃情节的严重程度，分别采取内部处理或移送司法机关追究刑事责任的方式处理。以下从这两个方面详细说明：
一、内部处理（适用于盗窃情节较轻的情况）
立即固定证据：
- 施工单位应迅速收集并保存与盗窃行为相关的所有证据，包括但不限于监控录像、目击者证言、被盗物品清单及价值评估等。
- 证据的收集应合法、合规，确保在后续处理过程中能够作为有效依据。
内部调查与询问：
- 施工单位可以成立专门的调查小组，对涉嫌盗窃的员工进行询问，了解盗窃的具体情况、动机及是否有其他同伙等。
- 询问过程中应尊重员工的合法权益，避免使用非法手段获取信息。
根据规章制度处理：
- 施工单位应依据公司内部的规章制度，对盗窃员工进行相应的处罚，如警告、罚款、解除劳动合同等。
- 处罚决定应书面通知员工，并告知其有权提出申诉或异议。
加强内部管理：
- 施工单位应借此机会加强内部管理，完善防盗措施，如增加监控设备、加强门禁管理等，以防止类似事件再次发生。
二、移送司法机关追究刑事责任（适用于盗窃情节严重的情况）
判断盗窃情节是否严重：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，构成盗窃罪。
- 施工单位应评估盗窃行为的严重程度，包括被盗物品的价值、盗窃次数、是否对施工单位造成重大损失等。
向公安机关报案：
- 如果盗窃行为构成犯罪，施工单位应立即向当地公安机关报案，并提供相关证据材料。
- 公安机关将依法进行调查取证，并决定是否立案侦查。
配合司法机关处理：
- 施工单位应积极配合司法机关的工作，提供必要的协助和支持，如提供监控录像、目击者证言等。
- 在司法机关的处理过程中，施工单位应保持与司法机关的沟通联系，及时了解案件进展情况。
追究民事赔偿责任：
- 除了刑事责任外，施工单位还可以根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，要求盗窃员工承担民事赔偿责任，赔偿因盗窃行为给施工单位造成的损失。
温馨提示：在处理员工盗窃公司财产的问题时，施工单位应确保处理过程的合法性和合规性，避免侵犯员工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。