行政复议中，若发现被申请人主体不适格，复议机关确实有告知申请人的义务。以下是对此问题的详细分析：
法律背景与依据
在行政复议过程中，复议机关的核心职责之一是审查被申请行政行为的合法性与适当性。这自然包括了对被申请人主体资格的审查。如果复议机关在审查过程中发现被申请人主体不适格，即被申请人并非作出该行政行为的合法主体，那么这一发现对于复议决定的作出具有至关重要的影响。
复议机关的告知义务
程序公正性要求：行政复议程序应当遵循公正、公开、公平的原则。如果复议机关发现被申请人主体不适格，却不告知申请人，那么这显然违背了程序公正性的要求。申请人有权知道复议过程中的所有重要信息，以便其能够充分行使自己的复议权利。
申请人知情权保障：申请人作为行政复议的当事人，有权了解复议程序的进展情况以及复议机关对案件的审查结果。如果复议机关发现被申请人主体不适格却不告知申请人，那么申请人的知情权就受到了侵害。
复议决定合法性基础：复议机关作出的复议决定必须建立在合法、充分的事实和法律依据之上。如果被申请人主体不适格，那么复议机关基于该被申请人作出的行政行为所进行的审查就失去了合法性基础。因此，复议机关有义务将这一情况告知申请人，以便申请人能够了解复议决定的合法性和正当性。
实际操作中的处理
在实际操作中，如果复议机关发现被申请人主体不适格，通常会采取以下措施：
中止复议程序：在查明被申请人主体不适格后，复议机关可能会中止复议程序，以便进一步调查和核实相关情况。
告知申请人并征求意见：复议机关会及时将发现的情况告知申请人，并征求申请人的意见。申请人可以根据自己的意愿选择是否继续复议程序或者采取其他法律途径维护自己的权益。
作出相应复议决定：如果复议机关确认被申请人主体确实不适格，那么它会根据具体情况作出相应的复议决定，如撤销原行政行为、确认违法等。
法律后果与建议
如果复议机关未履行告知义务，可能会导致复议决定的合法性受到质疑。申请人有权对复议决定提起行政诉讼，要求法院撤销或变更复议决定。因此，复议机关在发现被申请人主体不适格时，应当严格履行告知义务，以确保复议程序的公正性和合法性。
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