若行政复议因被申请主体不适格被驳回，一般建议选择行政诉讼，而非继续复议。以下从不同角度为你详细分析：

从复议与诉讼的性质和目的来看

• 行政复议：是行政机关内部的一种监督和纠错机制，旨在通过上级行政机关对下级行政机关的具体行政行为进行审查，以纠正违法的或不当的行政行为。当被申请主体不适格时，意味着复议机关认为原本应当作为被申请人的行政机关并非正确的对象，这种情况下，继续复议可能无法从根本上解决问题，因为即使复议机关改变了原行政行为，也可能因为被申请主体错误而导致复议结果无效或无法执行。
• 行政诉讼：是公民、法人或其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益时，向人民法院提起诉讼，由人民法院进行审理并作出判决的一种司法救济途径。与行政复议相比，行政诉讼具有更强的司法性和终局性。当行政复议因被申请主体不适格被驳回时，选择行政诉讼可以确保你的诉求得到一个具有法律效力的最终裁决。

从实际操作和效率来看

• 继续复议：如果坚持继续复议，可能需要重新确定被申请主体，这可能会耗费大量的时间和精力，而且结果仍然存在不确定性。如果新的被申请主体仍然存在问题，或者复议机关对案件的理解与你存在分歧，那么复议结果可能仍然无法满足你的需求。
• 选择行政诉讼：可以直接向人民法院提起诉讼，由法院对案件进行全面、客观的审查。法院在审理过程中，会依法对行政行为的合法性进行判断，并作出具有法律效力的判决。这种方式通常更加高效、直接，能够更快地解决你的问题。

从法律后果和执行力来看

• 行政复议结果：即使复议机关改变了原行政行为，如果被申请主体不适格的问题没有得到根本解决，那么复议结果可能无法得到有效执行。因为执行对象（即被申请主体）本身就存在问题，这可能会导致复议结果成为一纸空文。
• 行政诉讼判决：具有更强的执行力。一旦法院作出了判决，无论是维持原行政行为、撤销原行政行为还是变更原行政行为，都具有法律效力，必须得到执行。如果行政机关不履行法院的判决，你可以依法申请强制执行。

建议：在行政复议因被申请主体不适格被驳回后，及时准备相关证据材料，向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。在诉讼过程中，要充分阐述自己的诉求和理由，提供充分的证据支持自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。