若一审法院院长发现案件存在问题并启动再审程序，但再审后仍维持原判，当事人可采取以下措施：

1. 审查再审程序合法性
   首先需确认再审程序是否严格遵循《民事诉讼法》第207条规定的启动条件（如证据伪造、法律适用错误等）。若再审法院未依法组成合议庭、未公开审理或未保障当事人辩论权，可能构成程序违法，可作为后续申诉的依据。

2. 向上一级法院申请抗诉或检察建议
   根据《民事诉讼法》第215条，当事人可向检察院申请检察建议或抗诉。需重点说明：

   • 再审判决存在《民事诉讼法》第207条规定的法定情形（如新证据足以推翻原判、审判人员贪污受贿等）；
     
   • 提交再审期间未被采纳但能证明原判错误的证据（如鉴定意见、证人证言等）。
     检察院审查后认为符合条件的，将向法院提出抗诉或检察建议，触发法院内部监督程序。

3. 通过信访渠道反映问题
   若程序合法但实体判决明显不公，可向法院信访部门或上级法院提交书面申诉材料，需包含：

   • 再审判决书及原审证据清单；
     
   • 详细说明再审法院未纠正的错误（如事实认定矛盾、法律适用错误）；
     
   • 请求法院启动审判监督程序的书面申请。
     需注意：信访不直接启动再审，但可能促使法院内部审查。

4. 特殊情形下的救济途径

   • 刑事案件：若涉及刑事判决，可依据《刑事诉讼法》第253条向法院或检察院申诉，重点论证“原判决事实不清、证据不足”或“量刑明显不当”；
     
   • 行政案件：可依据《行政诉讼法》第92条，向上一级法院申请再审，需证明“主要证据不足、适用法律错误”等情形。

行动建议：

1. 立即整理再审期间提交的全部证据材料及庭审记录，标注关键争议点；
   
2. 委托律师撰写《抗诉申请书》或《申诉状》，重点论证再审法院未纠正的错误；
   
3. 若涉及重大财产或人身权益，可同步向法院申请财产保全或人身保护令。
   

提示：再审维持原判不意味着“终局”，但需通过法定程序主张权利。若对具体操作流程有疑问，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细方案。