针对您提出的“政府采购合同中明确不能分包，如果分包了怎么处理”的问题，以下是我根据相关法律法规和实际操作经验给出的详细解答：
一、法律背景与原则
首先，需要明确的是，政府采购分包必须严格遵循《中华人民共和国政府采购法》及其相关实施条例和管理办法的规定。这些法律法规明确规定了政府采购分包的原则、条件、程序以及责任承担机制，旨在确保分包的合法性、合规性，以及采购项目的高质量完成。
二、合同中明确不能分包的情况
若政府采购合同中已经明确规定了不能分包，那么中标、成交供应商就必须严格遵守这一约定，不得擅自进行分包。这是合同双方基于诚信原则和法律规定所达成的共识，任何违反这一约定的行为都将构成违约。
三、违法分包的处理方式
采购人监督与整改要求：
- 如果中标、成交供应商违反合同约定进行了分包，采购人有权立即发现并要求其停止分包行为。
- 采购人可以要求中标、成交供应商对已经分包的部分进行整改，确保符合合同要求。
- 若分包行为已经对采购项目造成了实质性影响，采购人还有权要求中标、成交供应商承担相应的违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
财政部门监管与处罚：
- 财政部门作为政府采购的监督管理部门，有权对违法违规的分包行为进行监督检查。
- 一旦发现中标、成交供应商存在违法分包行为，财政部门将依法予以处理处罚，包括但不限于警告、罚款、列入不良行为记录名单、禁止参加政府采购活动等。
法律责任与追偿：
- 中标、成交供应商作为采购项目的首要责任人，对采购项目和分包项目向采购人负责。
- 如果因分包供应商的原因造成采购项目出现问题或损失，中标、成交供应商在向采购人承担责任后，有权向分包供应商进行追偿。
四、建议与预防措施
加强合同管理：
- 在签订政府采购合同时，应明确约定分包的条件、程序以及违约责任等条款，以预防违法分包行为的发生。
严格供应商资质审查：
- 在选择中标、成交供应商时，应严格审查其资质和能力，确保其具备完成采购项目的能力和经验。
加强监督与管理：
- 采购人和财政部门应加强对政府采购活动的监督与管理，及时发现并纠正违法违规的分包行为。
提高法律意识与合规意识：
- 采购人、中标/成交供应商以及分包供应商都应提高法律意识和合规意识，严格遵守相关法律法规和合同约定，共同推动政府采购项目的高质量完成。
综上所述，如果政府采购合同中明确不能分包而中标、成交供应商却进行了分包，那么将面临采购人的监督整改要求、财政部门的监管处罚以及法律责任的追究。因此，建议各方在政府采购活动中严格遵守相关法律法规和合同约定，确保分包的合法性和合规性。